Mots-Clés

Diagnostic Microbiote 1test1 Nanopore BASH Python

Description

La société :

Luxia Scientific est une start-up innovante, située près de Melun, qui développe et commercialise une nouvelle génération de diagnostics qui permettent de caractériser le microbiote intestinal. La société a été fondée par une équipe de scientifiques spécialistes dans l’analyse du microbiote intestinal et a pour mission d’améliorer la santé et le bien-être de tous à travers l’analyse du microbiote. La société commercialise 1test1 (TM) : le tout premier diagnostic français d’analyse de perte de diversité bactérienne du microbiote intestinal basé sur le séquençage génétique.

Pour en savoir plus : www.luxia-scientific.com

Le stage :

Dans le cadre de l’émergence des séquenceurs Nanopore de la société Oxford Nanopore Technologies (ONT), les activités de recherche et développement s’intensifient autour de l’analyse fiable des lectures de séquence (reads) dites longues, lesquelles sont sujettes à un fort taux d’erreur en comparaison des lectures courtes classiques. Ce stage consistera principalement à évaluer et explorer la combinaison de différents outils développés par la communauté ONT, dans le but de proposer une étape de contrôle qualité offrant des performances se rapprochant le plus possible de celles classiquement observées sur les lectures courtes de séquenceurs comme celles de la société Illumina. Les données métagénomiques à exploiter seront principalement de type Shotgun, cependant des analyses 16S sont également à envisager.

Candidature :

Nous recherchons une personne très rigoureuse et capable de rapidement gagner en autonomie, ayant, de préférence, fait un premier cycle en bio-informatique ou informatique. Une bonne maitrise de la programmation BASH, Python ou C est requise et, dans tous les cas, une connaissance du langage Python serait souhaitable.  Une première expérience en analyse de données métagénomiques (Mocat, Qiime, Mothur, …) serait un plus. Une bonne connaissance de l’anglais écrit est souhaitée.

Merci d’envoyer votre CV et lettre de motivation (optionnelle) à guillaume.benissan@luxia-scientific.com, en précisant les modalités clés de votre convention de stage (dates au plus tôt et au plus tard de début et de fin, durées minimum et maximum, etc.)

Lieu du stage :

Les locaux de la société sont situés au HCenter, 11 Rue Benjamin Franklin, 77000 LA ROCHETTE, à 15 minutes de marche de la gare de Melun (ou 5 minutes en bus), elle-même à 25 minutes de Paris Gare de Lyon via la ligne R.