Mots-Clés

WGS Polyploide

Description

Le Cirad recrute un.e ingénieur.e en bio-analyse/bio-informatique pour l'analyse de données de séquençage massives sur la canne à sucre pour 12 mois, au sein de l'UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales (AGAP institut).
Vous travaillerez au sein de l'équipe de recherche "Structure et Evolution des Génomes" sur la compréhension de l'architecture des génomes et de la diversité des cultivars de canne à sucre et des espèces à leur origine. Les cultivars de canne à sucre sont hautement polyploïdes et d'origine interspécifique. 

Avec les chercheur.e.s de l'équipe, vous travaillerez dans le cadre de deux projets internationaux menés en particulier avec le Joint Genomic Institute (USA), l'un visant à assembler et caractériser le génome hautement polyploïde du génome d'un cultivar de canne à sucre et le second visant à caractériser la diversité génétique/génomique de la canne à sucre et de ses apparentés à partir de données de séquençage WGS (whole genome sequence) de 300 accessions. La canne à sucre étant hautement polyploïde, ces projets nécessitent le traitement de volumes de données de séquençage particulièrement importants et leur analyse par des méthodes bio-informatiques.

Vos activités porteront sur plusieurs aspects :
- l'analyse des séquences de ces 300 accessions avec différentes approches basées sur l'analyses de Kmers répétés/éléments transposables, SNP ou haplotypes. Ces analyses nécessiteront le développement d'approches et d'outils bio-informatiques d'exploration de séquences génomiques, adaptés aux génomes polyploïdes et intégrant des considérations statistiques et probabilistes. 
- la réalisation d'une carte génétique haute densité à partir de données de séquençage WGS de 96 descendants d'un cultivar. Cette carte sera utilisée pour appuyer l'assemblage du génome du cultivar et explorer les appariements dans ce contexte génomique particulier, hautement polyploïde et interspécifique.

Profil souhaité

Le profil recherché correspond à un.e ingénieur.e en bioinformatique/bioanalyse justifiant d'un diplôme de type Master 2 ou école d'ingénieur en Bioinformatique.
Compétences et aptitudes professionnelles requises :
• Connaissance pratique de méthodes d'analyses et de traitement de données issues de séquençage haut débit
• Maitrise d'au moins un langage de programmation (python, perl ou R) pour la réalisation de scripts informatiques.
• Bonne capacité à gérer des jeux de données très volumineux et au travail sous unix/linux et windows ; expérience sur cluster de calcul haute-performance (SGE ou SLURM) appréciée 
• Connaissances en cartographie génétique appréciées
• Bonne aptitude pour le travail en équipe