Mots-Clés

transcriptomique epigenomique cellule unique sequençage biostatistique bioinformatique

Description

Les développements récents de technologies basées sur le séquençage à haut débit (scRNA-Seq, scATAC-Seq, CITE-Seq, Tapestri, transcriptomique spatiale...) permettent désormais d'analyser le transcriptome et l'épigenome en cellules uniques. Combinée à l'imagerie, la transcriptomique spatiale permet de déterminer la localisation subcellulaire des molécules d'ARNm, dans des cellules de coupes histologiques. Enfin, la technologie CITE-Seq qui utilise des anticorps spécifiques permet de combiner analyse transcriptomique et analyse protéomique. L'ensemble de ces technologies a récemment révolutionné la recherche en oncologie en permettant d'analyser l'hétérogénéité des tumeurs et de mieux comprendre les mécanismes fondamentaux impliqués dans l'oncogenèse, tels que les processus conduisant à l'instabilité génétique et l'échappement aux points de contrôles. Les centres de recherche (CRCT, IPBS et CBI) impliqués sont à la pointe de la recherche dans l'application de ces nouvelles modalités de séquençage en cellule unique

L'analyse des résultats obtenus sur cellule unique prend désormais une part importante dans les projets, au-delà de la prise en charge des analyses classiques des données de séquençage. De plus, les outils logiciels d'analyse disponibles manquent de performance et sont largement perfectibles, ce qui encourage des stratégies de développement dédiées. Ce poste a pour objectif de répondre collectivement à un besoin urgent d'expertise, pour soutenir l'effort d'analyse et dynamiser le développement d'outils originaux et de mettre en relation des centres experts qui présentent des compétences complémentaires dans la réalisation et l'analyse de ces expériences. La personne recrutée, sur un poste mutualisé de bio-informatique, aura pour mission l’analyse statistique et le traitement des données produites par les techniques de séquençage à haut débit (NGS) et générées par les centres partenaires.

Le/la candidat(e) assurera :

1- le traitement des données NGS à l’aide de logiciels existants,

2- la formation des utilisateurs à ces logiciels et aux méthodologies statistiques associées,

3- l’implémentation et le développement de nouvelles méthodes et nouveaux algorithmes d’analyse