Mots-Clés

Diagnostic Génomique Cancer Maladies Rares Whole Genome

Description

Description du poste :

Ingénieur Bioinformatique, Analyse de données

https://laboratoire-seqoia.fr

Description du projet SeqOIA :

Le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), la plateforme génomique de Paris Région, porté par l’Assistance Publique Hôpitaux de Paris, l’Institut Curie et Gustave Roussy a été sélectionné par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet pour la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire, du Plan France Médecine Génomique 2025 qui promeut la mise en œuvre et la prospective sur 10 ans des conditions de l’accès au diagnostic génétique en France.

Doté d’une équipe bioinformatique dédiée (SeqOIA-IT), SeqOIA développe et déploie ses propres solutions logicielles innovantes pour la prescription médicale (SPICE), l’analyse et l’interprétation des données (GLEAVES). Elle s’appuie par ailleurs sur une infrastructure de calcul et stockage HPC de 4000+ cœurs, 18+To RAM, 2 Po de scratch et 10 Po d’archivage.

Description des missions de l’ingénieur Bioinformatique, Analyse de données :

Sous la hiérarchie du Directeur de la plateforme bioinformatique SeqOIA-IT, le (la) candidat(e) aura pour objectifs de définir les besoins en lien avec un panel d’utilisateurs et de réaliser les choix technologiques associés, réaliser la mise au point et valider scientifiquement les solutions d’analyse des données de séquençage à visée diagnostique produites par le Laboratoire de Biologie Médicale SeqOIA (WGS, WES, RNA-seq).

Le (la) candidat(e) devra également participer à la conception, le développement et la validation technique de méthodes innovantes d’interprétation des données NGS pour le diagnostic, s’intégrant dans le logiciel Gleaves.

Enfin, il (elle) devra supporter les personnels du Laboratoire de Biologie Médicale SeqOIA dans l’interprétation des résultats.

Les compétences requises :

Le (la) candidat(e) devra disposer d’une expérience d’au moins 5 ans en analyse de données de séquençage haut débit (WGS,WES, RNA-seq) en lien avec des pathologies humaines (une expérience significative dans le domaine du Cancer serait un plus).

Il (elle) devra également faire preuve d’une excellente connaissance d’au moins un langage de script (Python, Bash) et de R, ainsi que des méthodes statistiques classiques et de leur application.

Un bon niveau d’anglais (écrit, lu, parlé) est attendu.

Enfin, nous recherchons avant tout une personne ayant d’excellentes qualités relationnelles et organisationnelles, aimant travailler en équipe, et disposant d’une adéquation avec les valeurs de l’hôpital public, d’une appétence pour les défis ambitieux, et d’une sensibilité aux valeurs d’intégrité scientifique.