Mots-Clés
omique
métagénomique
métatranscriptomique
génomique
microbiologie
Description
Le Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE) UMR CNRS 6023 (Clermont-Ferrand) héberge plus
de 130 chercheurs, enseignant-chercheurs, praticiens hospitaliers, ingénieurs, techniciens et contractuels, répartis dans
6 équipes de recherche, travaillant actuellement sur les microorganismes procaryotes et eucaryotes (Archées, Bactéries, Protistes, Champignons), ainsi que sur les virus, depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu’aux rôles de cesorganismes dans les écosystèmes.
Le/La bioinformaticien-ne, apportera un soutien aux chercheurs de l'unité pour analyser des données issues de méthodes
« -omiques » (e.g. Séquençage haut débit, Transcriptomique, Protéomique, Métabolomique, volatomique), tant d'un
point de vue bio-informatique que de la reconstruction des réseaux d'interactions et de l'intégration de données -
omiques, de manière à contribuer à la compréhension des liens entre structure des communautés microbiennes et
fonctionnement des écosystèmes
Compétences opérationnelles :
- Maîtrise du travail en environnement linux et sur cluster de calculs
- Utilisation de langages de programmation (R, Python, bash, ).
- Maîtrise des concepts et outils de la bio-informatique ; connaissance des bases publiques de données omiques
et biologiques ; maitrise des API de type REST
- Maîtriser des logiciels de gestion de tâches et de version (snakemake, git) ; garantir la qualité et la pertinence
des outils d'analyse et des résultats.
- Savoir versionner et archiver ses scripts et packages avec des outils type Github
- Maîtrise des méthodologies de gestion de projet (bio)informatique
- Veiller au respect des bonnes pratiques en termes de sécurité et sauvegarde des données
Le profil complet peut être consulté aux adresses suivantes :
https://www.uca.fr/universite/travailler-a-luca/concours-itrf/listes-des-postes-ouverts-aux-concours-itrf-2022-a-luca#categoriea
https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/recrutements/itrf/categorie-A
Date limite de candidature 28/04 (cf site du ministère)