Mots-Clés

Bioinformatique médicale, Analyse de données de séquençage complet (WES, WGS, WTS), Cancérologie, Recherche et Développement (R&D)

Description

Contexte

L'Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP - HP) est le centre hospitalier universitaire (CHU) d’Île-De-France. Ses missions sont le soin, la recherche et l’enseignement. De dimension internationale, il est constitué de 39 hôpitaux, organisés en 6 groupes hospitaliers universitaires, qui accueillent plus de 7 millions de patients par an.

L’AP-HP développe une filière de soins en médecine génomique à travers les plateformes MOABI et SEQOIA. Cette filière s’appuie sur l’analyse bioinformatique de données de séquençage, en particulier le séquençage complet du transcriptome (WTS), de l’exome (WES) et du génome (WGS). Ces données NGS sont obtenues sur les tissus biologiques de patients (ex. sang, tumeur). Leur analyse bioinformatique permet d’aider les médecins à établir un diagnostic précis des maladies et à choisir les traitements les plus adaptés. En amont, les équipes de bioinformatique médicale réalisent un travail de R&D sur les outils bioinformatiques nécessaires à ces traitements. L’analyse de ces données NGS répond à divers objectifs, par exemple identifier des mutations, typer des tissus biologiques, ou encore établir des profils immunitaires. Pour chacun de ces objectifs, les bioinformaticiens médicaux doivent évaluer et sélectionner les algorithmes les plus performants, puis les intégrer dans l’ensemble des fonctionnalités mises à disposition des médecins via un portail web à accès sécurisé.

Environnement de travail

Le poste est localisé au Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), site historique en plein centre de Paris et du quartier latin (Métro Odéon, RER Saint-Michel). Le CRC comprend plus de 500 chercheurs et ingénieurs, répartis dans une trentaine d’équipes. La personne recrutée intègrera l’équipe de bioinformatique médicale spécialisée en cancérologie dirigée par le Pr. Aurélien de Reyniès. Cette jeune équipe est constituée pour l’essentiel de doctorants et d’ingénieurs bioinformaticiens.

Le poste inclut la possibilité de télétravailler 2 jours par semaine.

Description du poste

La personne recrutée aura en charge plusieurs projets de R&D portant sur des outils d’analyse bioinformatique du génome et du transcriptome complets, destinés aux patients atteints de cancer. Ces outils seront intégrés dans la filière de médecine génomique de l’AP-HP (plateforme SEQOIA).

Compétences nécessaires

• Expérience d’au moins 2 ans en analyses de donnée de séquençage (Maîtrise des concepts et outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés en génomique et pour les analyses de données NGS)
• Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications
• Maîtrise d’un langage de script (Python, Bash)
• Excellente connaissance de R
• Maîtrise de l'environnement Linux/Unix
• Pratique courante de l'anglais écrit et oral
• Connaissance des algorithmes d’apprentissage
• Connaissances en pathologie moléculaire
• Organisation et gestion de projet

Compétences appréciées

• Outils de versionning / développement collaboratif (Gitlab / Github)

• Gestionnaires de workflow (ex: NextFlow, Snakemake)
• Ordonnanceur de tâches (ex: Slurm)

Compétences interpersonnelles

• Aimer le travail en équipe, l’entraide, le partage des connaissances
• Savoir présenter son travail de façon claire et synthétique
• Travailler avec rigueur et méthode
• Capacité à anticiper et à résoudre les problèmes
• Etre curieux, s’intéresser fortement aux sciences biologiques et/ou médicales