Mots-Clés

Bioinformatique intégrative génomique protéomique FAIR

Description

Description

Un poste d’ingénieur de recherche CEA est ouvert pour prendre en charge le développement de la plateforme BIOI2 de Bioinformatique Intégrative de l’I2BC (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule) à Gif-sur-Yvette (Institut CEA/CNRS/U. Paris Saclay). Les missions de la plateforme sont i) une offre de services accompagnée d’un support aux usagers ; ii) le développement de ressources bio-informatiques innovantes ; iii) l’organisation de formations en bio-informatique. En lien avec le service informatique, cette plateforme a également pour mission d’implémenter les pratiques FAIR et de favoriser le développement de la bio-informatique intégrative en coordonnant les développements bio-informatiques des différentes plateformes et des équipes de recherche. L’objectif de la plate-forme de Bioinformatique est également d’assurer des liens avec les plateformes de métabolomique au CEA-Saclay et de protéomique au CEA-Marcoule pour créer des synergies sur le développement d’outils innovants entre ces différentes plateformes.

Activité

Vous travaillerez sous la responsabilité opérationnelle du pôle Informatique Scientifique de l’I2BC et de la direction scientifique de la plateforme BIOI2. En étroite collaboration avec les autres membres du service informatique vous mettrez au point diverses solutions techniques permettant l'analyse et la diffusion des données, tout en étant attentif(ve) aux aspects de performances, d’évolution et de maintenance des solutions proposées. Votre objectif sera en particulier de potentialiser le couplage entre les approches de génomique et de protéomique au sein de l’I2BC mais aussi plus largement dans l’Institut Joliot. En plus de l’intégration et de l’exploitation des données à grande échelle, l’I2BC s’appuie sur plusieurs technologies de pointe pour étudier les mécanismes fonctionnels des machineries cellulaires de l’échelle atomique à celle des organelles, comme la cryoEM ou la microscopie haute résolution. Dans l’ensemble de ces champs d’expertise, les outils de traitement d’image, de modélisation et de bioinformatique sont omniprésents. Vous serez amené à interagir en synergie avec les autres bio-informaticiens en charge de ces questions, pour favoriser l’essor d’une communauté d’usagers de ces approches.

Les missions pourront être de :

- Participer au développement de la plateforme bioinformatique BIO2 de l'I2BC

- Développer au sein de la plateforme de Bioinformatique des applications répondant aux différents besoins des équipes de recherche ou de soutien de l’I2BC

- Développer des outils informatiques pour le traitement et la mise en valeur des données générées sur les plateformes de l’I2BC (Génomique, Protéomique, Biophysique et Imagerie)

- Favoriser l’exploitation des moyens de calculs centralisés au sein de l’Institut et dans les centres de calculs nationaux.

- Contribuer à la mise en place et au respect des dispositions qualité et des normes

- Coordonner le développement de la plateforme de l’I2BC avec les moyens et technologies mis en place à l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) - Concevoir les actions de formations techniques et fonctionnelles

Connaissances et compétences recherchées

- Maitrise informatique en langages Python/R, gestion de bases de données.

- Capacité d’adaptation aux différents champs de recherche en biologie des collaborateurs expérimentateurs.

- Compétences en management de plateforme et une compréhension des enjeux actuels en bioinformatique (pérennité, protection des données…).

- Connaissances dans des méthodes et techniques du domaine des applications Web (PHP, Microsoft .NET, Bases de données MySQL/PostgreSQL, Javascript, ...).

Compétences comportementales

- Sens de l’organisation et rigueur.

- Qualité d’écoute et gout pour le service.

- Capacité de piloter un projet et de rendre compte auprès du responsable de son activité.

- Esprit d’équipe.