Ingénieur en bio-informatique - Analyse de génomes et transcriptomes d’Aeschynomene

 CDD · IE  · 12 mois (renouvelable)    Bac+3 / Licence   Unité MIAT · Castanet-Tolosan (France)  staturaire, en fonction de l'expérience

 Date de prise de poste : 1 juin 2022

Mots-Clés

Génome, Transcriptome, Assemblage, Annotation

Description

Description du poste: 
Mots-clés : Assembler et annoter les génomes de deux Aeschynomene, analyse des transcriptomes, participer plus largement aux analyses génomiques
 
Contexte :
La plate-forme Bioinfo Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr/), hébergée par l’unité INRAE MIAT (Mathématique et Informatique Appliquée de Toulouse) accompagnent un grand nombre de projets de traitement de séquences. Elle collabore, entre autres, au projet SymWay (https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE20-0011) dont le but est d’étudier une nouvelle voie symbiotique pour l'infection rhizobienne et la nodulation chez les légumineuses. Ce projet est porté par Jean-François Arrighi de l’unité de recherche PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) et est réalisé en collaboration avec des équipes à Toulouse et à Montpellier. La plate-forme Genotoul Bioinfo effectuera les analyses bioinformatiques du projet. 
 
Les travaux réalisés le CDD recruté seront :
  • l’assemblage et l’annotation de deux génomes d’Aeschynomene (données PacBio HiFi et Hi-C)                   
  • l’analyse du transcriptome d’un grand nombre d’espèces de la même famille (RNA-Seq de novo)         
  • la mise en œuvre des autres analyses bio-informatiques du projet (recherche de gènes d’intérêt, de variations génomiques,...)
 
Profil des candidats
 
Master 2 en bio-informatique (ou informatique)
Maîtriser d'Unix
Savoir développer en Perl et Python
Avoir une première expérience dans le traitement de séquences 
Un expérience d'utilisation d'un cluster sera également appréciée
Qualités relationnelles et intérêt pour le travail en équipe 
 
 

Candidature

Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation à claire.hoede@inrae.fr et christophe.klopp@inrae.fr

Date limite : 1 juin 2022

Contacts

Christophe Klopp

 chNOSPAMristophe.klopp@inrae.fr

Offre publiée le 22 avril 2022, affichage jusqu'au 1 juin 2022