Description du poste: 

Mots-clés : Assembler et annoter les génomes de deux Aeschynomene, analyse des transcriptomes, participer plus largement aux analyses génomiques

 

Contexte :

La plate-forme Bioinfo Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr/), hébergée par l’unité INRAE MIAT (Mathématique et Informatique Appliquée de Toulouse) accompagnent un grand nombre de projets de traitement de séquences. Elle collabore, entre autres, au projet SymWay (https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE20-0011) dont le but est d’étudier une nouvelle voie symbiotique pour l'infection rhizobienne et la nodulation chez les légumineuses. Ce projet est porté par Jean-François Arrighi de l’unité de recherche PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) et est réalisé en collaboration avec des équipes à Toulouse et à Montpellier. La plate-forme Genotoul Bioinfo effectuera les analyses bioinformatiques du projet. 

 

Les travaux réalisés le CDD recruté seront :

• l’assemblage et l’annotation de deux génomes d’Aeschynomene (données PacBio HiFi et Hi-C)                   

• l’analyse du transcriptome d’un grand nombre d’espèces de la même famille (RNA-Seq de novo)         

• la mise en œuvre des autres analyses bio-informatiques du projet (recherche de gènes d’intérêt, de variations génomiques,...)

 

Profil des candidats

 

Master 2 en bio-informatique (ou informatique)

Maîtriser d'Unix

Savoir développer en Perl et Python

Avoir une première expérience dans le traitement de séquences 

Un expérience d'utilisation d'un cluster sera également appréciée

Qualités relationnelles et intérêt pour le travail en équipe