Mots-Clés

Bioinformatique sequencage analyse donnée, IT santé

Description

IntegraGen est une société spécialisée dans le décryptage du génome humain, et réalise des analyses pertinentes et rapidement interprétables pour des laboratoires académiques et privés. Nous proposons maintenant, tant pour les généticiens que les oncologues, des outils informatiques universels et individualisés de d’aide au diagnostic et de guidage thérapeutique permettant aux chercheurs et aux médecins d’améliorer la compréhension des pathologies et la prise en charge des patients.

Type de contrat : CDI

Date de début de contrat : immédiatement

Lieu de travail : Evry (91) – Génopole / Télétravail

DESCRIPTION DU POSTE

La plate-forme de séquençage Haut-Débit met en place et réalise des projets de séquençage autour d’applications multiples, couvrant un vaste panel de domaines de recherche.

L’équipe Bio-informatique a implémenté en routine un grand nombre de workflows pour permettre l’analyse des applications les plus communes en génétiques et épigénétiques (séquençage de génomes entiers, d'exomes ou de panels de gènes, séquençage d'ARN (miRNAs, 3’RNAs, …), étude de la méthylation de l'ADN, …. De nombreuses espèces sont prises en charge : humain, souris, rat, chien, cheval, …. et de l’ordre de 4 To de données génomiques sont générées chaque semaine.

La plate-forme gère l'ensemble du processus de l’analyse primaire (démultiplexage des données brutes, séquenceurs Illumina et ThermoFisher) jusqu’à l’analyse tertiaire (annotation des fichiers vcf, classification par Tiers, impacts biologiques et thérapeutiques, ...).

En rejoignant la tête de cette équipe voici les défis que vous prendrez en charge :

• Le management de l’équipe
• La gestion des activités de production de la plate-forme HTSEQ
• Le suivi et le rendu dans les délais des analyses bio-informatiques des données produites par les plates-formes de séquençage de la société
• La maintenance et le développement de nouveaux pipelines destinés aux différentes analyses
• La communication avec les équipes scientifiques pour comprendre les directions à prendre dans les nouvelles analyses

Mais vous devrez également :

• Collaborer étroitement avec les équipes d’infrastructure IT afin d’optimiser les code et l’infrastructure destinée à exécuter les différents pipelines
• Collaborer de manière transversale avec les équipes projets dans l'exécution des activités de développement de produits
• Suivre la démarche qualité de l’entreprise lors des phases de conception, de développement et de déploiement des produits logiciels (bio)informatiques, notamment en rédigeant les documents associés (spécifications fonctionnelles, cahier de tests)
• Appréhension des différents workflows bio-informatiques aujourd’hui en production
• Assurer une veille technologique et scientifique dans le domaine du traitement de données issues de la génomique et transcriptomique
• Identifier et exploiter les possibles optimisations

Dans un environnement de santé, vous apprendrez à respecter des normes strictes qualité, de fiabilité des résultats, de sécurité des informations. Les développements s’appuieront sur les dernières technologies de bio-informatique.

Enfin, au-delà des applications dont vous vous occuperez, vous participerez à construire et échanger les bonnes pratiques d’IntegraGen : vous saisirez les opportunités de formations continue tant externes qu’internes, et vous partagerez vos connaissances et expériences avec vos pairs.

Vous êtes titulaire d’un mastère en Bio-informatique avec 5 ans minimum de pratique en entreprise

Compétences techniques :

• Expérience du management d'équipe et du management de projets
• Maîtrise de l'environnement Linux/Unix
• Maîtrise de la programmation scriptée : Python, bash (environnement Unix), R
• Une solide expérience en analyse de données NGS
• Bonne connaissance des algorithmes et outils de détection dans l’analyse de génétique humaine et plus particulièrement en oncologie et transcriptome (GATK, Picard, STAR, …)
• Compréhension des environnements conteneurisés (Docker, Kubernetes)
• Adepte de gestionnaire de versionning: git, github
• Une expérience de terrain avec les méthodes Scrum est un plus
• Une connaissance au logiciel Jira serait un plus

Compétence non-techniques :

• Communication structurée (orale et écrite) en Anglais et Français
• Capacité à reformuler/vulgariser une problématique scientifique
• Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme.
• Curiosité et capacité d’adaptation et d’anticipation
• Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales.