Mots-Clés

génomique végétale, pangénomique, plateforme, amélioration des plantes

Description

Pangénomique du maïs appliquée à l’amélioration et l’évaluation variétale

Contexte

ERA Bio-IT est un GIE regroupant deux acteurs français majeurs dans le secteur des semences de grandes cultures (Lidea - ex Euralis Semences et Caussade Semences - et RAGT) et un institut technique impliqué dans le conseil variétal et l’appui à la sélection (ARVALIS-Institut du végétal). L’objectif de ce consortium est de mutualiser les ressources informatiques et scientifiques sous forme d’une plate-forme bioinformatique pour l’exploitation et l’analyse de données génomiques principalement pour les cultures de maïs et de blé. L’ingénieur·e interviendra dans le cadre d’un projet de valorisation des collections génomiques de Zea mays visant à compléter les méthodes traditionnelles de génomique comparative pour l’amélioration variétale avec de nouvelles approches pangénomiques. Cette mission s’intègre à la suite d’un premier stage axé autour de l’état de l’art en pangénomique végétale et du benchmark de quelques outils dédiés. L’ingénieur·e sera amené·e à développer un prototype d’outil informatique de construction, analyse et visualisation de pangénomes de maïs. L’ingénieur.e apportera aussi un appui ponctuel à la responsable de plateforme bioinformatique dans le cadre de ses missions d’administration technique et informatique.

Missions

• Approfondir les benchmarks des outils existants
• Mettre en lien les attentes des utilisateurs, les options proposées par les outils existants, et les besoins de développement à façon.
• Finaliser le cahier des charges de l’outil de pangénomique
• Développer un prototype de l’outil final
• Rédaction de la documentation technique et fonctionnelle
• Assurer une veille bibliographique et une animation scientifique sur la pangénomique végétale
• Participer au bon fonctionnement des missions de la plateforme

Profil

Le profil recherché est celui d’un·e ingénieur·e d’étude (bac+5) en bioinformatique spécialisé·e en génomique, ayant un intérêt particulier pour la génomique végétale et la pangénomique. Elle/il devra également s’intéresser au traitement de données de séquençage et à la génomique appliquée à l’amélioration variétale des plantes cultivées. Une bonne disposition à la communication scientifique orale comme écrite (français et anglais) est nécessaire.

Compétences attendues 

La/le candidat·e devra être opérationnel·le sur les compétences suivantes :

• Analyses de génomique comparative
• Expérience dans l’analyse de génomes végétaux
• Visualisation de données (R, python, …)
• Scripting (python, perl, bash, ...)
• GNU/linux, GitLab, SLURM
• Communication scientifique (anglais/français, écrite/orale)
• Autonomie, prise d’initiative, rigueur, esprit de synthèse, capacité à travailler dans la pluridisciplinarité. 

Compétences souhaitées

Des compétences dans les domaines ci-après seront particulièrement appréciées :

• Pangénomique
• Expérience dans la génomique appliquée à l’amélioration variétale des plantes cultivées
• Gestion de workflow (Snakemake, Nextflow, ...)
• Langage de développement haut niveau (C++, java...)
• Développement web (php, Apache/Ngnix, javascript...)

Contacts et candidaturePour plus d’informations, merci de contacter Marion Dupouy (responsable de la plateforme ERA Bio-IT, marion.dupouy@era-bio-it.com).