Mots-Clés

Réseaux de genes Machine learning NLP Data mining intégration de données

Description

La structure que vous allez rejoindre

Les recherches au sein de l’unité DIADE (UMR Diversité Adaptation et Développement des plantes) s’intéressent à la biodiversité des plantes, leur adaptation à différents environnements et leur développement. Dans un contexte de changement climatique et, plus généralement, de changements globaux, l’unité cherche à décrire la biodiversité et comprendre la réponse des plantes à ces changements pour contribuer à un développement durable. L’unité s’intéresse particulièrement aux plantes tropicales, les régions tropicales étant les régions où les défis actuels sont les plus importants : zones de biodiversité exceptionnelle, de forte croissance démographique, de pression soutenue sur l’environnement et de demande accrue en productions végétales.

L’unité conduit ses recherches avec une implantation principale à Montpellier, et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie. Elle cherche à les développer en utilisant les outils de la génomique pour mieux décrire la biodiversité et comprendre le développement et les processus d’adaptation des plantes. Pour contribuer à ces travaux, nous recherchons un apprenti motivé dans le data-mining et l’ingénierie logicielle.

Une mission attractive

Sous la responsabilité et le tutorat de Mikaël Lucas chercheur à l'IRD, l’apprenti sera formé aux différentes missions d’un ingénieur en ingénierie logicielle. Dans le cadre de cet apprentissage il contribuera au développement de l’outil de modélisation Panthéon, un logiciel de modélisation des réseaux de régulation génétique basé sur des modèles booléens. Les réseaux de régulation génétiques sont aujourd’hui modélisés sur la base de reconstructions statistiques et leur validation fonctionnelle est trop complexe et coûteuse pour être réalisée expérimentalement.

L’objectif principal de l’apprenti sera de participer au développement de nouvelles méthodes de reconstruction et validation des réseaux de gènes en s’appuyant sur les techniques de data mining et de contribuer à leur intégration au sein de l’outil Panthéon.

Vos activités seront les suivantes : 

• Participer au développement de méthodes d'Intelligence Artificielle pour effectuer de la fouille de données.
• Travailler sur la chaine de traitement des données pour leur intégration à un logiciel préexistant et y intégrer de nouveaux traitements.
• Participer à l'évolution et à la conception de l'architecture technique d’un logiciel.
• Développer et intégrer des fonctionnalités.
• Gérer le déploiement des nouvelles versions sur tous les environnements (développement, test et production).
• S'assurer de la mise à jour de la documentation technique.
• Comprendre et analyser les besoins des utilisateurs.
• Appliquer et respecter les dispositions qualité et les normes.
• Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
• Concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels en regard des exigences et des spécifications fonctionnelles et suivant une stratégie de tests définie.
• Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les packages en assurant le suivi des versions.
• Participer à l'assistance fonctionnelle et/ou technique aux exploitants et aux utilisateurs.

Votre future équipe

Vous serez accueilli sur le site de la délégation régionale Occitanie de l’IRD à Montpellier au sein de l’équipe CERES composée de 2 techniciens, 1 ingénieur et 8 chercheurs. L’équipe CERES s’intéresse à l’adaptation des plantes aux contraintes environnementales par des approches intégratives, des gènes jusqu’à la plante entière. Elle développe notamment des approches de modélisations des réseaux de gènes et souhaite développer des approches de data mining.

Le profil que nous recherchons

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Génie logiciel, codage et tests de logiciels (Java, Javascript et Python) avec GIT.
• Méthodes d'analyse et de conception.
• Méthodes de modélisation et de développement (connaissance générale).
• Méthodes de mise en production.
• Méthodologie de tests.
• Architectures techniques et logiciels.
• Langages de programmation (connaissance approfondie).
• Systèmes de gestion de base de données.
• Protocoles de communication.
• Référentiel des bonnes pratiques.
• Sécurité des systèmes d'information et de communication.

Vous avez développé les aptitudes suivantes :

• Rigueur et organisation.
• Savoir rendre compte
• Goût pour le travail en équipe dans un milieu multiculturel.
• Capacité d’adaptation à un nouveau collectif.

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau VI