Mots-Clés

épitranscriptomique, régulations post-transcriptionnelles, plante, stress thermique, bioinformatique / bioanalyses, nanopore /transcriptomique

Description

Dans un contexte de changement climatique, les plantes sous de plus en plus fréquemment soumises à des épisodes météorologiques
extrêmes les exposant à des stress biotiques, souvent délétères pour leur croissance et leur développement. Il apparaît alors crucial de
décrypter les mécanismes moléculaires qui soustendent les processus de survie et d’acclimatation des plantes aux stress. Notre équipe cherche à comprendre comment les contrôles exercés au niveau des ARNm, en particulier au niveau de leur stabilité et de leur traduction permettent à la plante Arabidopsis thaliana, de passer d’un mode croissance à un mode survie dans un contexte de stress thermique. Parmi les éléments régulateurs du devenir des ARNm, les marques épitranscriptomiques (i.e modification chimiques déposées sur les ARNm), tiennent un rôle prépondérant.

Ce projet de thèse consistera à étudier le rôle de la marque m6A (N6-methyl Adenosine) dans le contrôle dynamique de la traduction et de la stabilité des ARNm, afin de permettre à la plante Arabidopsis thaliana de survivre à un stress thermique.

Nous recherchons un étudiant titulaire d'un master en bioinformatique afin d'analyser les données de séquençage à haut débit de profilage des marques m6A, d'activité traductionnelle et de dégradation des ARNm. Par ailleurs, afin d'obtenir une vision dynamique quantitative des m6A du transcriptome de plantes, l'étudiant devra implémenter les pipeline d'analyse de données nanopore de profilage des m6A. Ainsi une expérience dans les analyses de données de transcriptomique (RNA-seq, dégradome, RIP-seq, etc...) et/ou de données nanopore sera un plus. Le/la candidat.e devra être capable d'interpréter les résultats de ses analyses, suivre la bibliographie en lien avec le projet de thèse, être capable de tenir un cahier de laboratoire, de rendre compte de ses travaux à ses encadrants et de présenter ses travaux à l'oral. Notre équipe de recherche compte des membres d'origine étrangère, une certaine maîtrise de l'anglais scientifique est donc requise.

A travers ce projet de bioinformatique et bioanalyse, nous obtiendrons une vision intégrée du rôle moléculaire des marques m6A dans la réponse au stress thermique des plantes terrestres. L'étudiant aura l'opportunité unique d'acquérir des compétences dans l'analyse de données nanopore de séquence 'RNA direct' et de séjourner dans un laboratoire partenaire expert de ces approches.