Mots-Clés

bioinformatique séquençage haut débit NGS RNA-seq

Description

Contexte 

L’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (UMR CNRS-INSERM-Université de Strasbourg ; http://www.igbmc.fr) est composé de 42 équipes de recherche explorant diverses thématiques de recherche fondamentale en biologie moléculaire et cellulaire et appliquée dans le domaine de la santé.

Au sein de l’IGBMC, la plateforme GenomEast (http://genomeast.igbmc.fr/) met à disposition ses ressources et son expertise tant aux équipes de l’institut qu’à la communauté académique nationale. Elle comprend actuellement 13 personnes (8 pour la partie expérimentale et 5 pour la partie bioinformatique). Les projets traités portent sur des thématiques diverses (notamment génomique fonctionnelle, cancer, développement, cellules souches, génétique humaine), en utilisant diverses applications de séquençage haut débit (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, MeDIP-seq, small RNA-seq, DNA-seq, …). Actuellement, la plateforme est notamment équipée d’un séquenceur Hiseq4000 (Illumina), d’un Chromium Controller (10X Genomics) et d’un serveur de stockage et de calcul.

Missions

La personne recrutée rejoindra l’équipe de bioinformatique, en charge de la gestion et de l’analyse des données de séquençage haut débit générées par la plateforme et des développements informatiques liés à ces activités. Il/elle travaillera notamment sur l’analyse de données de RNA-seq : il/elle développera de nouvelles fonctionnalités dans le pipeline d’analyse de données de RNA-seq développé par la plateforme (Python / R / LaTeX) et analysera des données de RNA-seq dans le cadre de différents projets pris en charge par la plateforme.

Profil

Diplôme requis : Bac+5 en bioinformatique.

Compétences requises :

• Très bonnes connaissances en programmation et maitrise de Python
• Très bonnes connaissances en bioinformatique, en particulier dans le domaine de l’analyse de données de séquençage haut débit
• Bon niveau en statistique et analyse de données, bonnes connaissances en R
• Maitrise de l’environnement unix
• Connaissances théoriques en biologie moléculaire et génomique
• Bon niveau en anglais

Contrat

CDD de 12 mois (date de début de contrat négociable).

Salaire : 1848 € brut mensuel pour un IE débutant.

Localisation du poste : IGBMC, 1 rue Laurent Fries, Illkirch (à côté de Strasbourg).