Mots-Clés

multiome single cell single nuclei ATAC-seq RNA-seq Muscle

Description

Contexte :

Les fibres musculaires squelettiques sont des syncytia multinucléés, L'agent investiguera les mécanisme de coordination de l'expression génique dans un syncytium en analyse des données single nuclei ATAC-seq et single nuclei RNA-seq.

Activités :

Traiter et analyser des données obtenues en "multiome" ATAC + Gene Expression sur noyaux uniques. Établir les liste de gènes différentiellement exprimés. Appliquer les analyses des inférences de trajectoire (pseudotemporal ordering) , et d'accessibilité de chromatine.
Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'analyse et l'interprétation des données
Réaliser les projets d'analyses de données biologiques de l'unité, en utilisant les outils actuels de bioinformatique
Identifier, concevoir et développer les outils informatiques adaptés aux problématiques de l'équipe ou des collaborations permettant d'exploiter les données obtenues
Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales
Effectuer une veille scientifique et technologique

Compétences :

Avoir eu une première expérience en analyses omiques ou multiomiques (Bulk RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, single cell/nuclei, etc.)
Maîtriser les éléments de langages propres à la bioinformatique pour permettre une bonne communication avec les biologistes/techniciens/hors milieu de la bioinformatique
Maîtriser les aspects basiques de la bioinformatique (contrôle-qualité du séquençage, contrôle-qualité de l'alignement contre une référence, savoir rechercher une information dans des fichiers de séquençage ou d'alignements)
Maîtriser les bonnes pratiques de la visualisation de l'information
Connaître et savoir différencier les techniques de comptages de reads en sortie d'alignement
Maîtriser au moins un outil d'analyses différentiels (DESeq2, limma et, ou edgeR)
Maîtriser au moins un outil d'alignement contre une référence (STAR, Bowtie2, BWA)
Maîtriser au moins un outil de traitement de l'information dans des fichiers de séquençage ou d'alignement (samtools, bamtools, bedtools, picard, etc.)
Connaître et savoir rechercher dans les bases de données suivantes : Bioconductor, Ensembl, KEGG, MSigDB, etc.
Connaître un système de conception de pipelines (snakemake, nextflow, etc.) et de gestion de dépôts (singularity, docker, etc.)
Compétences Biologiques:
Connaissance de base en biologie du muscle ,
Solides bases génomique,
Curiosité et intérêt pour les questions biologiques
Compétences Informatique:
Travailler en environnement Unix/MacOS
Compétence en programmation (R , python , bash, VBA, perl)
Versionning (github, gitlab)
Gestion de jobs/pipelines/containers (nextflow, snakemake, singularity, docker, conda)
Compétences Générales:
Capacités d'adaptation, autonomie et prise d'initiative
Capacité de communication

Contexte de travail :

L'IE travaillera dans l'équipe du Dr. Fabien Le Grand, en collaboration avec les bioinformaticiens déjà présents. www.inmg.fr/le-grand