Développement et réarchitecture d'une base de données pour la biologie

 CDD · IE  · 30 mois (renouvelable)    Bac+5 / Master   CRBM - CNRS · Montpellier (France)

Mots-Clés

base de données, développeur, ascidies, biologie du développement

Description

(Version française plus bas)

Background

The evolution of animal species is a fascinating field of research that combines biology, computer science and ecology. Ascidians are marine animals, a kind of 'living fossils' whose anatomy has changed very little over hundreds of millions of years. Our interdisciplinary research team, based in Montpellier, France, is seeking to understand the reasons for this stability.

The proposed position

We are looking to recruit a computer scientist or bioinformatician for a period of 30 months, possibly extendable, to contribute to the development and maintenance of an original database, Aniseed, combining information at several scales of analysis (genes, anatomy, environment, etc.). As part of a team of computer scientists and biocurators, you will develop new modules (notably for single cell RNA-seq/ATAC-seq data) and contribute to rearchitecting the system to increase its performance. This full time position is based in Montpellier.

Profile and skills required

You have a master's degree in computer science or bioinformatics. You are enthusiastic, autonomous, detail-oriented and wish to put your skills at the service of an original and ambitious biology project in an interdisciplinary team of biologists and computer scientists. You enjoy communicating your work to a global community of users (Europe, USA, Japan, China, etc.). You like to learn and are not afraid to step out of your comfort zone.

You are familiar with the Linux system and version management tools (Git). You have knowledge (design, programming, querying) of SQL and NoSQL (ideally Neo4J) databases, network protocols and APIs. You have at least a theoretical understanding of microservice architectures and would like to develop your knowledge in this field.

Contact

For all enquiries and to apply, please contact Christelle Dantec or Patrick Lemaire with a CV and a short cover letter. The position will be open to all applicants until it is filled and the position will start no later than October 1st 2022. We will consider candidates who have just completed a Master's degree or who have a first professional experience.

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Contexte

L’évolution des espèces animales est un champ de recherche fascinant qui combine la biologie, l’informatique et l’écologie. Les ascidies sont des animaux marins, sortes de « fossiles vivants » dont l’anatomie n’a que très peu changé depuis des centaines de millions d’années. Notre équipe de recherches interdisciplinaire, basée à Montpellier en France, cherche à comprendre les raisons de cette stabilité.

Le poste proposé

Nous cherchons à recruter au niveau Ingénieur d’études pour une durée de 30 mois, éventuellement prolongeable, un.e informaticien.ne ou bioinformaticien.ne, pour participer au développement et à la maintenance d’une base de données originale, Aniseed, combinant des informations à plusieurs échelles d’analyse (gènes, anatomie, environnement,…). Intégré.e dans une équipe d’informaticien.ne.s et de biocuratrices, vous développerez de nouveaux modules (notamment RNA-seq/ATAC-seq cellules uniques) et contribuerez à réarchitecturer le système pour en augmenter les performances. Le poste est à plein temps et basé à Montpellier.

Profil et compétences recherchées

Titulaire d’un master en informatique ou en bioinformatique, enthousiaste, autonome, vous avez le souci du détail et désirez mettre vos compétences au service d’un projet de biologie original et ambitieux dans une équipe interdisciplinaire constituée de biologistes et d’informaticien.ne.s. Vous aimez communiquer sur votre travail auprès d’une communauté mondiale d’utilisateurs (Europe, USA, Japon, Chine, notamment). Vous aimez apprendre et n’avez pas peur de sortir de votre zone de confort.

Vous êtes familier avec le système Linux et les outils de gestion de versions (Git). Vous avez des connaissances (conception, programmation, interrogation) en bases de données SQL et NoSQL (idéalement Neo4J), en protocoles réseaux et APIs. Vous avez une compréhension, théorique au moins, des architectures microservices et aimeriez développer vos connaissances dans ce domaine.

Contact

Pour toute demande de renseignements et pour candidater merci de contacter Christelle Dantec ou Patrick Lemaire avec un CV et une brève lettre de motivation. Le poste est ouvert tant qu’il ne sera pas pourvu et le démarrage du poste se fera au plus tard le 1er octobre 2022. Nous considérerons les candidatures en sortie de Master ou suite à une première expérience professionnelle.

 

 

 

Candidature

Procédure : Pour tous renseignements ou pour candidater, envoyer un mail à christelle.dantec@crbm.cnrs.fr et à patrick.lemaire@crbm.cnrs.fr

Date limite : None

Contacts

Christelle Dantec , Patrick Lemaire

 chNOSPAMristelle.dantec@crbm.cnrs.fr

Offre publiée le 4 mai 2022, affichage jusqu'au 30 septembre 2022