Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

genetics genomics genomic imprinting birth weight piglet

Description

• Le projet de thèse sera ciblé sur les gènes soumis à empreinte parentale. L'empreinte génomique parentale est un exemple particulièrement intéressant de régulation épigénétique, puisque dans une même cellule, en fonction de l’origine parentale, l'un des deux allèles est réprimé de manière stable par des modifications épigénétiques tandis que l'autre allèle est maintenu à l'état actif. Il est aujourd’hui reconnu, chez l’homme et la souris, que les gènes soumis à empreinte parentale jouent un rôle majeur dans la croissance et le développement pré/post-natal. Le poids de naissance est un caractère agronomique majeur pour la filière porcine. Nous posons l’hypothèse que les mécanismes d’empreinte parentale contribuent à la variabilité du poids de naissance chez le porcelet. Nous proposons donc d’évaluer dans quelle mesure les variabilités génétique et épigénétique ciblées dans les régions génomiques soumises à empreinte seraient associées à des poids de naissance extrêmes chez le porcelet.
• Ce projet de thèse sera basé sur l’utilisation de données -omics de différentes natures (génomique, épigénomique et transcriptomique) issues d’animaux produits en unités expérimentales. Les analyses bioinformatique et biostatistique des divers jeux de données permettront d’évaluer s’il existe des signatures moléculaires significativement différentes entre les groupes de porcelets de poids extrêmes via (i) des mutations génétiques impactant la régulation épigénétique de l’expression de certains gènes qui influencent le poids de naissance des porcelets et (ii) une variabilité épigénétique dans les régions génomiques soumises à empreinte sans modification de la séquence d’ADN.