Mots-Clés

Analyse de données, metabarcoding, inférence fonctionnelle, bioinformatique, bioanalyse

Description

Présentation de l’environnement professionnel

L’Institut Agro Dijon est un établissement public d’enseignement et de recherche dans les domaines de l’agronomie et de l’agroalimentaire, sous la double tutelle du Ministère de l’agriculture et de l’alimentation et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation. Il forme des ingénieurs dans ces deux domaines et porte des Masters co-accrédités avec l’Université et des Mastères spécialisés. Il développe ses travaux de recherche au sein d’Unités Mixtes de Recherche. Il contribue à l’appui au système éducatif de l’enseignement technique agricole.

Pour aller plus loin : https://institut-agro-dijon.fr

Objectifs du poste

Traitements et analyse de données de métabarcoding et intégration d’outils d’inférence fonctionnelle dans les flux analytiques

Description des missions à exercer ou des taches à exécuter

Les microorganismes des environnements complexes comme les sols présentent une très forte diversité tant taxonomique que fonctionnelle. Ils constituent des bioindicateurs de la qualité des écosystèmes particulièrement pertinents grâce à leur implication directe dans les grandes fonctions et les services écosystémiques rendus par les sols, à leur forte capacité d’adaptation, et à leur sensibilité aux modifications environnementales. Les communautés microbiennes sont désormais caractérisables grâce au développement d‘outils de biologie moléculaire. Ces derniers donnent accès à l’ADN des sols et permettent son séquençage par métabarcoding, c’est-à-dire le séquençage de l’ADN associé à un gène marqueur comme le gène codant l’ARN ribosomique 16S des bactéries. Le déploiement de ces outils a abouti au développement d’indicateurs opérationnels relatifs à l’abondance et à la diversité microbienne, traduisant l’état du patrimoine biologique des sols. Plus récemment, des outils bioinformatiques ont été développés pour prédire le potentiel de ces communautés microbiennes en termes de fonctions biologiques à partir de données de séquençage, regroupés sous la terminologie « inférence fonctionnelle ». Ces outils (e.g. Tax4Fun2, PICRUSt2, PAPRICA) reposent sur l’affiliation des séquences ADN obtenues avec des bases de données internationales de séquences pour lesquelles des fonctions biologiques ont été identifiées. Ces outils de recherche sont prometteurs pour appréhender plus finement la diversité fonctionnelle du microbiote du sol. Par conséquent, ils présentent un fort potentiel pour le développement de bio-indicateurs du fonctionnement du sol, complémentaires aux bio-indicateurs évaluant son patrimoine biologique.

La personne recrutée contribuera à rendre opérationnels ces indicateurs issus de la recherche. Pour cela, elle apportera son expertise en ingénierie et développement logiciels appliqués à la bioinformatique. L’application portera plus précisément sur les traitements et l’analyse de données de métabarcoding et sur l’intégration d’outils d’inférence fonctionnelle dans les flux analytiques. La personne recrutée aura pour missions de : i) évaluer l’efficacité et la pertinence des différents outils dédiés à l’inférence fonctionnelle, ii) développer et/ou optimiser des outils bioinformatiques pour faciliter l’exploitation des données, iii) développer et/ou optimiser des outils bioinformatiques afin de rendre opérationnels les nouveaux bioindicateurs pour leur utilisation au terrain, iv) assurer les analyses bioinformatiques courantes.

La personne recrutée fera le lien entre l’équipe de recherche Biocom, constituée d’écologues microbiens, de statisticiens et de bio-informaticiens ; et le bureau d’études Novasol Experts, constituée d’écologues microbiens, de statisticiens et d’agronomes. Elle assurera les échanges et le transfert des outils produits.

Conditions particulières d’exercice

Le poste se déploie sur deux sites :

UMR Agroécologie, centre INRAE Dijon, 17 rue de Sully, 21000 Dijon : 50%

Novasol Experts, 64 E Rue Sully, 21000 DIJON: 50%

Compétences liées au poste

SAVOIRS

-          Intérêt pour la recherche bio-informatique fondamentale et appliquée

-           Capacité à évaluer et garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyses

-           Connaissances en principes biostatistiques appliqués aux données NGS

-           Connaissances en systèmes de gestion de base de données (SGBD)

-           Anglais scientifique

SAVOIR-FAIRE

-           Analyse et traitement des données NGS (Maîtrise des méthodes et outils d’analyse et du traitement des données «omiques»)

-           Programmation Python, C ou PERL

-           Bonnes pratiques de programmation

-           Maîtrise des outils mathématiques et statistiques du traitement des données (par exemple, analyse de données via R)

-           Rédaction scientifique

-           Gestion de projet

-           Autonomie et réactivité

-           Sens du relationnel et communication interpersonnelle

-           Adaptabilité à des sujets divers et des méthodologies variées

Personnes à contacter

Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Institut Agro Dijon : nicolas.chemidlin@agrosupdijon.fr; 03 80 69 30 53 / 03 80 77 25 66

Sébastien Terrat, Université de Bourgogne : sebastien.terrat@inrae.fr; 03 80 69 33 83

Charles Guilland, Novasol Experts : charles.guilland@novasol-experts.com;