Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

RNA-seq Développement, Validation

Description

Le Service Partagé d’Appui à l’Analyse de Données (SPAAD) est un service de bio-informatique, partagé entre les laboratoires de Santé Animale (LSAn) et de Sécurité Alimentaire (LSAl). Le service a vocation à collaborer avec les différentes unités des 2 laboratoires de Santé Animale et de Sécurité Alimentaire sur les sujets scientifiques incluant des problématiques d’analyses de données. Les missions du SPAAD sont les suivantes :
- Développement d’outils et applications utiles à la communauté,
- Aide à la gestion des données scientifiques
- Support pour les questions de bioinformatique et de bioanalyse,
- Formation du personnel ANSES
L’équipe est actuellement composée de 2 agents.
Plusieurs projets de RNAseq vont être réalisés dans les différentes unités des LSAl et LSAn au cours de l’année 2022 et le besoin en analyse de ce type de données va augmenter. Les données sont générées soit directement à partir des différents agents pathogènes bactérien (Bacillus, Clostridium et Staphylococcus) ou parasitaires, soit à partir des hôtes infectés par ces agents pathogènes.
Il est donc indispensable pour les laboratoires que le SPAAD développe et valide des méthodes d’analyses dédiées au RNAseq, et que des outils soient mis à leur disposition.

Sous l’encadrement de votre maitre d’apprentissage, vous serez amené(e) à construire un
pipeline permettant l’analyse des données RNA-Seq :
- Identifier les méthodes d’analyses de RNA-Seq existantes dans la littérature
- Réaliser une analyse comparative des outils open source afin de les évaluer.
Comparer la pertinence des outils par rapport au contexte du séquençage (agent
pathogène, hôte…)
- Rechercher des bases de données publiques des agents pathogènes d’intérêt
- Proposer un pipeline permettant l’enchainement des outils appropriés en utilisant
les technologies du service (snakemake, conda…)
Vous serez ensuite amené à utiliser ce pipeline pour répondre à certains projets de
RNAseq soumis au service du SPAAD par des équipes de recherches et faire une
synthèse des résultats.

Diplôme préparé: 

Vous préparez une formation en bio-informatique de niveau Master 1 ou Master 2 en
contrat d’apprentissage

Cycle d’alternance:
Vous alternez idéalement 3 semaines en entreprises et 1 ou 2 semaines école

Compétences:

 Analyse de séquences génomique et/ou transcriptomique
 Langage de programmation Python ou R
 Familier avec les serveurs ftp NCBI et/ou ensembl.org
 Qualités rédactionnelles (maîtrise de l’orthographe)