Mots-Clés

multiomics Bulk RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, single cell/nuclei, muscle, myoneuroalp

Description

Missions
Développement d'outils d'analyse de données omiques.

Contexte de travail
L'alliance MyoNeurALP est un projet sur 5 ans soutenu par l'AFM-Telethon, qui inclut 19 équipes de
recherche travaillant sur le système neuromusculaire normal et pathologique.
Le poste de bioinformaticien/ne (niveau AI/IE) est un poste transversal qui n'est pas rattaché à une
équipe. Le/la bioinformaticien(ne) travaillera avec un comité scientifique composé de 3 chefs d'équipes
et interagira avec les bioinformaticiens déjà en place dans deux équipes de l'alliance. Le poste est pourvu
pour un minimum de 3 ans.

Activités
• Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'analyse et l'interprétation des données,
• Traiter et analyser des données obtenues, en utilisant les outils actuels de bioinformatique,
• Identifier, concevoir et développer les outils informatiques adaptés aux problématiques du projet ou
des collaborations permettant d'exploiter les données obtenues,
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de
présentations orales,
• Effectuer une veille scientifique et technologique.
Compétences Bioinformatique
• Avoir eu une première expérience en analyses omiques ou multiomiques (Bulk RNA-seq, ChIP-seq,
ATAC-seq, single cell/nuclei, etc.),
• Maîtriser les éléments de langages propres à la bioinformatique pour permettre une bonne
communication avec les biologistes/techniciens/hors milieu de la bioinformatique,
• Maîtriser les aspects basiques de la bioinformatique (contrôle-qualité du séquençage, contrôle-
qualité de l’alignement contre une référence, savoir rechercher une information dans des fichiers de
séquençage ou d’alignements),
• Maîtriser les bonnes pratiques de la visualisation de l’information,
• Connaître et savoir différencier les techniques de comptages de reads en sortie d’alignement,
• Maîtriser au moins un outil d’analyses différentiels (DESeq2, limma et, ou edgeR),
• Maîtriser au moins un outil d’alignement contre une référence (STAR, Bowtie2, BWA),
• Maîtriser au moins un outil de traitement de l’information dans des fichiers de séquençage ou
d’alignement (samtools, bamtools, bedtools, picard, etc.),
• Connaître et savoir rechercher dans les bases de données suivantes : Bioconductor, Ensembl,
KEGG, MSigDB, etc.

Compétences Biologiques
• Connaissance de base en biologie,
• Solides bases génomiques,
• Curiosité et intérêt pour les questions biologiques.
Compétences Informatique
• Travailler en environnement Unix/MacOS,
• Compétence en programmation (R , python , bash, VBA, perl),
• Versionning (github, gitlab),
• Gestion de jobs/pipelines/containers (nextflow, snakemake, singularity, docker, conda).

Compétences Générales
• Capacités d'adaptation, autonomie et prise d'initiative,
• Capacités de communication et d'interactions avec des interlocuteurs multiples.

Contact

benedicte.chazaud@inserm.fr

christophe.jagla@uca.fr fabien.le-grand@inserm.fr

fabien.le-grand@inserm.fr