Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

single cell, transcriptome, intestin, organoïdes, microbiote, métabolites

Description

L’objectif du projet de thèse est d’exploiter des données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques
(single cell RNA-seq) pour étudier la maturation de l’épithélium intestinal au début de la vie et pour explorer
le rôle joué par les métabolites du microbiote digestif. Les données analysées seront issues
d’expérimentations in vivo (lapin) et in vitro (organoïdes) menées par l’équipe NED (Nutrition et Ecosystèmes
Digestifs, GenPhySE). La personne recrutée sera en charge des analyses bioinformatiques et biostatistiques
(probablement principalement à l'aide de packages R existants comme Seurat, Scanpy, etc.) pour identifier
les profils d’expression de gènes dans chaque type cellulaire de l’épithélium intestinal in vivo et in vitro. Le.La
doctorant.e sera également responsable de l’interprétation biologique des résultats pour répondre aux
questions suivantes :
• Quelles modifications transcriptomiques ont lieu dans chacun des types cellulaires de l’épithélium
intestinal lors de la transition alimentaire du sevrage ?
• Quelles sont les effets des métabolites produits par le microbiote intestinal au moment de
l’introduction de l’alimentation solide sur le transcriptome de chaque type cellulaire de l’épithélium
intestinal ?