Mots-Clés

NGS diagnostic cancer maladies rares bactériologie pipeline

Description

Contexte et mission :

La Cellule Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL), constituée de 3 ingénieurs bioinformaticiens, 1 développeur web et 2 maîtres de conférences hospitalo-universitaires, est en charge de l’analyse des données de séquençage haut débit pour le diagnostic pour l’ensemble des HCL. L’activité concerne à la fois la génétique constitutionnelle, somatique et l’infectiologie.

Afin de soutenir cette activité, la Cellule Bioinformatique des HCL recherche un ingénieur bioinformaticien.

La personne recrutée devra participer au développement des pipelines bioinformatiques (analyse de données humaines et de données bactériennes), depuis le recueil des besoins auprès des utilisateurs jusqu’à leur intégration dans l’application web développée aux HCL.

La personne recrutée devra aussi prendre part aux activités de routine de la Cellule Bioinformatique (réalisation et suivi des analyses de routine, support et formation des utilisateurs, validation des outils bioinformatiques...) et éventuellement à des projets annexes de recherche et développement (par exemple, analyse de données de séquençage de 3ème génération).

Profil recherché :

Diplôme et expérience :

Titulaire d'un diplôme de master 2, d'ingénieur ou d’un doctorat en bioinformatique, génétique statistique ou domaine connexe.

Une expérience préalable d'analyse de données de séquençage haut débit d’au moins un an est fortement recommandée. Une expérience préalable de développement logiciel, ou bien dans un environnement soumis à des contraintes de production (laboratoire médical, plateforme de service bioinformatique, hôpital…), constituerait un atout certain.

Compétences souhaitées :

• Maîtrise des systèmes d’exploitation Linux/Unix

• Maîtrise de langages de script (bash, perl ou python) et de R

• Maîtrise des outils bioinformatiques classiques pour l'analyse de données de séquençage NGS de panels, d'exomes et de génomes entiers (BWA, samtools, Picard, GATK, FreeBayes…)

• Maîtrise de l'anglais

• Bon niveau en informatique (programmation, génie logiciel…)

• Connaissance des systèmes de containerisation (Singularity, Docker)

• Connaissance d’un langage de construction de workflow (idéalement Nextflow)

• Connaissance des environnements de calcul scientifique et d’au moins un ordonnanceur (OAR, SLURM…)

• Connaissances en développement web back-end (PHP, Laravel) et bases de données (MySQL) 

• Connaissance des bases de données publiques de génétique (exemples : GnomAD, RefSeq…)

Qualités requises :

• Intérêt pour les sciences biologiques et plus particulièrement pour la génétique

• Rigueur et capacités de documentation compatibles avec un environnement de production

• Curiosité intellectuelle, goût de l’investissement dans des activités nouvelles et variées

• Capacités d’auto-formation et de veille technologique

• Capacité à travailler en équipe et plus particulièrement dans un milieu pluridisciplinaire

• Autonomie, initiative, bon esprit d'analyse et de synthèse

• Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale

Télétravail possible 2j/semaine

Le contrat démarrera par un CDD de 12 mois qui pourra éventuellement être transformé en CDI à l'issu de cette période.