Mots-Clés

Bioinformatique workflow Galaxy microbiologie antibiorésistance

Description

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur.e Admin Système – DevOps H/F
Lieu de travail : ROSCOFF ou ILLKIRCH GRAFFENSTADEN

Lien CNRS :  https://t.co/WtLoPleGZE

Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2498,66 et 2637,74 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé (INBS) qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (Unité d'Appui à la Recherche, UAR CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI). l'IFB a pour mission d'offrir un appui à la recherche en science du vivant en déployant une infrastructure numérique, des ressources logicielles, des services en bioinformatique et des formations en anticipant les développements futurs du domaine et de en participant aux innovations méthodologiques. Les activités de l'IFB couvrent la diversité des domaines thématiques de toutes ses tutelles : recherche fondamentale, santé, environnement et agronomie.

L'IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d'envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large (https://www.france-bioinformatique.fr/actualites/abromics-une-plateforme-numerique-sur-la-resistance-antimicrobienne-pour-stocker-integrer-analyser-et-partager-des-donnees-multi-omiques/).

L'IFB propose une infrastructure de calcul répartie pour le traitement des données (NNCR : National Network of Computational Resources), qui repose sur une infrastructure de calcul de type HPC (High Performance Computing) constituée d'une fédération de clusters mutualisés par plusieurs PF (plateformes) de l'IFB et s'appuyant sur une ressource centrale, l'IFB Core cluster, hébergé à l'IDRIS (Institut du développement et des ressources en informatique scientifique). La personne recrutée intégrera l'équipe IFB Core Cluster, une équipe transversale d'une dizaine de PF régionales de l'ensemble du réseau de PF IFB qui consacrent chacune une partie de leur activité au maintien de l'infrastructure nationale répartie. Toutes les installations reposent sur des procédures établies en commun (recettes ANSIBLE, intégration continue, packages conda, modules Unix, …) qui permettent de déployer entre autres le même environnement logiciel sur chacun des clusters de la fédération.
Dans ce contexte, nous recrutons un•e ingénieur•e dont la mission principale sera la conception, le déploiement et la gestion de l'infrastructure HPC et cloud sur laquelle reposeront les composants logiciels d'ABRomics. Il/Elle sera également amené•e à concevoir des solutions adaptées à l'analyse de données sensibles en s'appuyant sur les technologies de containerisation et virtualisation.

Missions

La personne recrutée sera impliquée dans le développement et la validation de workflows depuis la collecte de données NGS, jusqu'à la détection des gènes et mutations associées à la résistance aux antibiotiques en passant par les étapes d'assemblage, d'assignation taxonomique, et de classification par MLST (https://pubmlst.org/). Il/elle aura également en charge l'interfaçage des workflows et de leurs interopérabilité sous Galaxy (https://galaxyproject.org/).

Activités

- Développer et améliorer des scripts existants en Python/R
- Construire des workflows sous Galaxy
- Réaliser le traitement des données
- Adapter les applications informatiques aux besoins multi-sites du projet
- Gérer et maintenir les outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Rendre compte de l'évolution des travaux en comité restreint IFB et au consortium ABRomics, et participer aux réseaux professionnels
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études

Compétences

Formation
- Bac + 3 minimum
- Licence ou Master en informatique

Compétences techniques / expériences
- Une expérience professionnelle de 2 ans

Connaissances
- Connaissance approfondie des environnements Linux (CentOS…) et techniques de virtualisation.
- Connaissance approfondie des concepts et techniques d'architecture des systèmes et des réseaux.
- Connaissance approfondie des méthodes d'authentification et des annuaires (LDAP…).
- Très bonne connaissance des différentes architectures matérielles et technologies de stockage.
- Très bonne connaissance des outils et technologies WEB (Apache, NGINX, etc.).
- Bonne connaissance d'au moins un langage de scripting (Python…).
- Connaissance générale en architecture réseau LAN.
- Connaissance générale des procédures de sécurité informatique.
- Compréhension de l'anglais oral et écrit Niveau B2
- Connaissance de l'outil de versionning git serait un plus
- Connaissance des cycles de développement en intégration continue serait un plus
- Connaissance d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt, ...) serait un plus

Compétences opérationnelles
- Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
- Évaluer une solution informatique
- Gérer la sécurité de l'information
- Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique
- Pratiquer une veille technologique
- Travailler en équipe

Compétences comportementales
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.
- Esprit d’équipe et sens de la collaboration.
- Capacité d’écoute et sens du contact.