Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

séquençage épigénétique haut débit workflow

Description

Développement de pipelines d’analyse pour l’intégration de données omiques variées

L’apprenti·e aura pour mission le développement d’outils d’analyse en adéquation avec les
besoins de l’unité. Les objectifs sont les suivants :
- Choisir les outils d’intégration de données les plus adaptés
- Mettre en place des pipelines d’analyse reproductible accessibles aux non-bioinformaticiens
- Documenter ces outils et former les utilisateurs

1ère année :
- Travail bibliographique : l’apprenti·e fera un inventaire des outils existants pour l’intégration
de données de séquençage haut-débit, RNA-seq et ChIP-seq dans un premier temps.
- Prise en main des outils sur des exemples simples : après avoir choisi avec son Maître
d’Apprentissage les outils les plus adaptés, l’apprenti·e les testera sur des jeux de données de
la littérature.
- Prise en main des outils de développement complexes : l’apprenti·e sera formé·e à
l’utilisation des workflows d’analyse existant sur la plateforme et qui sont codés à l’aide des
gestionnaires de workflow Snakemake et Nextflow.
- Développement de nouveaux pipelines : en fin de première année, l’apprenti·e aura acquis
les compétences nécessaires au développement de nouveaux workflows et pourra
commencer à les mettre en œuvre.
2nde année
- Développement de nouveaux pipelines : l’apprenti·e développera ces propres workflows
d’analyse en s’efforçant de répondre à la demande des utilisateurs.
- Développement d’interfaces permettant à des biologistes sans connaissances en
programmation d’utiliser les outils développés. Un des buts de la plateforme est de permettre
aux non-bioinformaticiens d’analyser eux-même leurs données. Pour cela, l’apprenti·e
développera une interface adaptée et participera à la formation des utilisateurs.
- Développement des capacités de communication orales et écrites : l’apprenti·e participera à
la rédaction des documentations et présentera les outils développés en séminaire d’unité.

Important: l'apprenti•e devra être accepté•e en M1 BI-IPFB de l’Université Paris Cité ou en M2 BIMS de l’Université de
Rouen.