Mots-Clés

Analyse de données transcriptomiques et métagénomiques, axe microbiote intestin cerveau

Description

La personne recrutée aura pour mission d’analyser les données multi-omiques issues des projets du laboratoire visant à mieux appréhender le rôle des interactions entre le microbiote intestinal et le tube digestif au cours des pathologies (pathologies neurodéveloppementales, neurotraumatiques ou neurodégénératives). Ces travaux conduiront à mieux appréhender des mécanismes physiopathologiques et à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques d’intérêt du microbiote ou de l’hôte dans ces pathologies. Ces travaux seront aussi réalisés avec l’étroite collaboration entre l’unité TENS et l’équipe Combi du laboratoire des science du numériques de Nantes (LS2N).

Les activités principales seront:

• Adapter, maintenir et utiliser des pipelines d'analyse de données transcriptomiques et métagénomiques (env. Linux, R, Python) ;
• Développement des modules d’analyse, de représentation graphique et de biostatistique des données transcriptomiques et métagénomiques en support des activités d’interprétation par les équipes de biologie ;
• Assurer la gestion des données (stockage, sauvegarde…) ;
• Développer des interfaces « user-friendly » en support des activités d’interprétation pour les équipes de biologie (Shiny, Rmarkdown)

Les connaissances requises et/ou appréciées seront:

• Connaissances approfondies du langage de programmation R, Python ;
• Maîtrise de l’environnement Linux, du langage Bash ;
• Connaissances approfondies des outils et des méthodologies de QC, alignement et annotation des séquences issues des technologies 16S et RNAseq ;
• Maîtrise des systèmes de gestion de bases de données.
• Connaissance d’outils d’analyse des données métagénomiques, biologiques et clinique en réseau (WGCNA, …).
• Connaissances théoriques et pratiques en biologie et souhaitable en microbiologie.

Le savoir faire associé à ce poste est:

• Analyse et traitement de données de métagénomiques et transcriptomiques ;
• Concevoir, exécuter et suivre un plan d’activités bio-informatiques ;
• Développement et documentation (GIT) des scripts ;
• Savoir communiquer des résultats bio-informatiques dans un langage compréhensible pour les personnels de l’unité