Mots-Clés

Web vue métabolisme réseau métabolique

Description

A propos de MetaboHUB

MetaboHUB (MTH) est l'infrastructure nationale française de métabolomique et de fluxomique. Lancée en 2013, MTH est une infrastructure internationale de premier plan au service de plus de 700 scientifiques dans le monde. MetaboHUB regroupe 5 installations régionales comprenant plus de 80 employés permanents, 15 RMN, 6743 MS, des plateformes robotiques et informatiques. MTH a pour objectif de faire progresser le domaine de la métabolomique et de la fluxomique, de la cellule unique à la population. Votre contribution servira à un large éventail de chercheurs dans les domaines des biotechnologies, de la santé humaine, de la nutrition et des sciences végétales. En rejoignant MTH, vous participerez à des recherches de pointe au sein d'un consortium hautement qualifié et motivé.

A propos de l’équipe d’accueil

Le laboratoire d’accueil sera le Laboratoire d’Interactions Plantes-Microbes-Environnement (LIPME) situé à Auzeville, aux portes de Toulouse. L’équipe d’accueil sera la plate-forme de bioinformatique du LIPME, composée de quatre ingénieurs permanents et de deux ingénieurs sur contrat. Le projet se fera en collaboration étroite avec les développeurs de MetExplore de l’unité Toxalim de l’INRAE située à Saint-Martin du Touch ainsi que les bioinformaticiens de MetaboHub.

La mission

Le serveur web MetExplore propose déjà l’édition collaborative de réseaux métaboliques (Cottret et al. 2018, NAR). Cependant, il est seulement possible d’agir sur un réseau à la fois. Or, notamment dans le cadre de la comparaison métabolique d’espèces proches ou de microbiotes, ou encore d’associations métaboliques, les projets impliquant la reconstruction métabolique de dizaines d’espèces en interaction se multiplient. La tâche principale du (de la) candidat(e) retenu(e) sera donc de développer une interface d’édition collaborative et simultanée de plusieurs réseaux métaboliques.

Objectifs

La transition vers cette nouvelle fonctionnalité sera l’occasion de faire évoluer les choix technologiques du serveur web MetExplore vers un autre modèle de développement. Ainsi, l’interface d’édition sera entièrement développée sous la forme de composants Web qui permettent une maintenance facilitée, une modularité accrue et un portage facilité vers d’autres applications Web. Cette interface d’édition, développée en Vue.js, pourrait donc être le premier pas vers une nouvelle version de MetExplore utilisant cette technologie.

Par ailleurs, une grande partie des fonctionnalités de MetExplore reposent sur l’utilisation de la librairie Java Met4J[1]. Le (la) candidat(e), en fonction de son profil et des besoins du projet, pourra donc être appelé(e) à utiliser cette librairie pour des opérations côté serveur.

L’application et les tests se feront sur l’annotation multiple d’une trentaine de réseaux métaboliques de Tournesol, entreprise dans le laboratoire d’accueil.

Le développement se fera en équipe, principalement avec un ingénieur du LIPME, et une ingénieure de Toxalim. Le (la) candidat(e) retenu(e) pourra également bénéficier de l’expertise des ingénieurs développeurs présents dans le consortium MTH ainsi que l’expertise de l’équipe MetExplore (au total 10 bioinformaticiens).

Compétences

+++ Développement Web (HTML5, CSS, JS)

+++ Framework de développement (e.g. Vue, React, ou Angular)

++ Java

+ PHP

++ Git

+ Métabolisme

+++ Dialogue

++ Curiosité

++ Rigueur

++ Créativité