Mots-Clés

Hi-C nextflow pipeline genome 3D 4C ChIA-PET formation

Description

Un poste d'ingénieur(e) en bioinformatique est ouvert au sein du Hub biocomputing du Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC) à l'Ecole Normale Supérieure de Lyon. Le Hub est une structure originale, mise en place par le LBMC, pour promouvoir l'utilisation et le développement de méthodes computationnelles dans la recherche en biologie. La mission du Hub est de venir en appui aux équipes de recherche dans l'analyse et la modélisation de leurs données expérimentales de génomique et d'imagerie.
Le Hub privilégie trois modes d'intervention : il met à disposition des outils et des formations, il développe des projets entre biologistes et bioinformaticiens et il établit des standards.
Les 15 équipes du LBMC étudient les bases moléculaires du fonctionnement normal et pathologique des cellules dans une approche pluri-disciplinaire. Le LBMC compte une centaine de collaborateurs.

Mission:

Au sein du Hub, l'ingénieur(e) recruté(e) sera chargé(e) de deux missions principales : (1) effectuer une veille des outils de pré-traitement et d'analyse de données génomiques 3D (Hi-C, 4C, ChIA-PET) ; (2) développer des solutions standardisées et adaptées aux problématiques des équipes du LBMC utilisant ce type de données.

Activités principales
• Développer des pipelines d'analyse de données avec Nextflow
• Proposer des méthodes d'analyse des données génomiques 3D
• Veille de publications scientifiques sur l'analyse de données de génomique 3D

Activités associées
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales
• Former les biologistes et bioinformaticiens du laboratoire, aux solutions développées et effectuer des analyses en interaction avec eux.
Des étudiants viennent contribuer régulièrement aux missions du Hub. L'ingénieur participera à leur encadrement.

Connaissances
• Maîtrise de plusieurs langages de programmation (R, Python et Bash)
• Maîtrise d'un outil gestionnaire de pipelines (Nextflow)
• Maîtrise d'un outil de gestion de version de code (Git)
• Connaissances en administration système de type UNIX
• Connaissance des technologies de conteneurisation (Docker et singularity)

Compétences
• Compétences en modélisation statistiques et/ou en machine learning
• Expérience d'analyse de données génomique (des expériences en analyses de données génomiques 3D seraient fortement appréciées)
• Expérience d'utilisation de cluster de calculs (ordonnanceurs slurm et SGE)
Autres connaissances / compétences :
• Intérêt pour les sciences de la vie
Une connaissance de base de la biologie (cellules souches, génétiques, épigénétique) sera appréciée
• Capacités rédactionnelles (rédaction de documentation d'outils)
• Compréhension et expression en anglais fluide

Savoir-être
Volonté d'adapter les outils au plus proche des besoins des biologistes
Bon relationnel, capacités de vulgarisation et de communication
Autonomie, rigueur et capacité à prioriser les différents projets
Esprit d'initiative et curiosité

Profil
De formation Bac + 3 à Bac+ 5 Bio informatique ou Informatique
Débutant ou avec une expérience (stages compris) de développement