Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

NGS Data Cancer Données Patients Single Cell

Description

Description du poste :

Gustave Roussy (2700 employés), premier centre européen de lutte contre le cancer, cherche à recruter un(e) bioinformaticien(ne)/bioanalyste pour prendre en charge l’analyse de données "single cell" de patients. Ce travail sera réalisé en étroite collaboration avec les équipes de Recherche (fondamentale et clinique) de l’Institut.

Le(la) bioinformaticien(ne) aura pour mission le traitement et l’interprétation de données de séquençage de "single cell" de différentes natures (ADN, ARN, protéines) et provenant de différentes technologies (notamment Chromium/Visium de 10X Genomics, Tapestri de Mission Bio et Rhapsody de BD Biosciences).

Missions :

• Développer et évaluer des pipelines/méthodes pour l'analyse des données de "single cell".
• Utiliser les meilleures pratiques pour les méthodes de "single cell", comprenant : la normalisation des données, la réduction de dimension, le "clustering", l'expression différentielle de gènes, l'analyse du type/état cellulaire, l'interaction cellule à cellule, l'inférence de trajectoire, l'analyse de transcriptomique spatiale et la visualisation.
• Faire bénéficier, les équipes de recherche souhaitant s’initier à la technique "single cell", de votre expertise scientifique afin de les aider à concevoir et réaliser leurs expériences, interpréter leurs résultats et les publier dans des revues scientifiques internationales.
• Analyser, interpréter et présenter les résultats en suivant les procédures de gestion de projet instaurées à la plateforme bioinformatique.
• Promouvoir activement l'analyse "single cell", et le savoir-faire de la plateforme, à l'intérieur et à l'extérieur de Gustave Roussy.
• Aider les autres bioinformaticiens de Gustave Roussy, non seulement dans leur analyse de données "single cell", mais aussi en répondant à leurs questions techniques sur l'utilisation de langages de programmation et/ou d'outils informatiques.

Connaissances et compétences professionnelles :

• Expérience préalable dans l'analyse et l'intégration d'ensembles de données scRNA-seq, scATAC-seq, scBCR/TCR-seq et CITE-seq.
• Maîtrise des concepts statistiques de base, de la programmation (R/Python/bash), de l’utilisation d’un cluster de calcul et de la résolution de problèmes.
• Une bonne connaissance/expérience sur l’analyse de données de transcriptomique spatiale (10X Visium) et des données de génomique "single cell" (Tapestri) serait un plus.
• La connaissance des méthodes standard d'analyse de données bioinformatiques et des jeux de données de référence pour l'expression génique, les mutations et les bases de données associées (TCGA / GTEX / Human Cell Atlas, panglaodb, cellphoneDB…) serait un plus.
• Flexible sur le plan organisationnel, adhérant aux procédures pré-existantes, innovateur(rice) et à l’aise dans des environnements de grande complexité pour fournir un travail de haute qualité face à de multiples demandes en parallèle.

Expertise et compétences interpersonnelles :

• Enthousiaste, indépendant(e) et proactif(ve).
• Bien organisé(e), consciencieux(se) et flexible.
• Solides compétences en communication écrite et orale (présentation de concepts complexes à un public hétérogène) et capacité à travailler efficacement avec les autres.

Capacité à synthétiser les résultats et à générer des rapports.