Mots-Clés

Santé humaine Microbiologie Sepsis Résistance Antibiotique HCL CIRI Recherche Diagnostic

Description

Diagnostic rapide du sepsis : prédiction du profil de résistance aux antibiotiques par spectrométrie de masse ciblée

Le projet IdBIORIV, coordonné par les Hospices Civils de Lyon (HCL), bénéficie d’un financement de l’Agence Nationale pour la Recherche dans le cadre du programme Recherche Hospitalo-Universitaire (RHU). Il a pour objectif de développer puis industrialiser une technologie innovante de diagnostic des infections.

Plus d’informations sur le projet RHU IdBIORIV

Partenaires académiques :

• Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon (HCL)
• Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), INSERM U1111
• Institut des Sciences Analytiques, Université Claude Bernard Lyon 1

Site principal d’affectation :

• CIRI site Laennec/gerland et Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Durée de la mission : 2 ans à partir du  1er septembre 2022

Contexte

Le projet IdBIORIV vise à développer un outil de diagnostic du sepsis permettant l’identification et la caractérisation du pathogène en moins de 90 minutes.

Ce projet repose sur une collaboration complémentaire entre l’Institut des agents infectieux des Hospices Civils de Lyon/Centre international de recherche en infectiologie, l’Institut des Sciences Analytiques de l'Université Claude Bernard Lyon 1 et SCIEX, industriel leader mondial en spectrométrie de masse.

Mission

La méthodologie du projet IdBIORIV repose sur la quantification rapide de nombreux peptides associés à la résistance aux antibiotiques et à la virulence bactérienne, permettant de prédire le risque de résistance d’un pathogène à un panel d’antibiotiques utilisés dans le traitement du sepsis et de déterminer le potentiel de virulence de ce pathogène. Le projet IdBIORIV comporte aussi des aspects fondamentaux sur la régulation de l’expression de la virulence de Staphylococcus aureus,

Dans ce contexte votre travail participera à la compréhension des bases génétiques sous-tendant les variations quantitatives protéomiques observées (variants).

Vos missions principales seront de :

• Mettre en place les pipelines de bio-informatique nécessaires à l’analyse des données "OMICS" et en particulier, mais pas exclusivement, de séquençage haut-débit WGSeq, RNASeq, TnSeq et RiboSeq
• Conduire les analyses de données
• Gérer le stockage et la sauvegarde des données. Mise en place d’une base de données.
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de présentations orales
• Favoriser l’interface entre les partenaires biologistes et bio-informaticiens du projet.
• Organiser la veille scientifique et technologique

Profil

Titulaire d’un Doctorat ou d’un diplôme d’ingénieur avec une spécialisation en bio-informatiques, vous avez l’expérience de l’analyse de données médicales et/ou microbiologiques. Vous possédez les qualités suivantes :

• Très bonnes compétences et expériences dans le domaine de l'analyse des données de séquençage haut débit.
• Très bonne maîtrise des langages de programmation couramment utilisés (Bash/awk, Python, R/Shiny, SQL)
• Maîtrise de la conteneurisation via docker et de la mise en place de pipeline sous nextflow (dsl 2)
• Maîtrise de l'environnement Unix/Linux
• Un niveau intermédiaire en statistique serait fortement apprécié
• Sensibilité pour la microbiologie

Autonome, rigoureux, vous savez travailler en équipe et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique.

Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement pluridisciplinaire (Scientifique, biologie, biostatistique, médecins, etc).

Vous maîtrisez l’anglais et êtes en mesure de réaliser une étude bibliographique et de communiquer au sein d’une équipe internationale.

Pour postuler

Envoi CV mentionnant deux référents et lettre de motivation à :

• François Vandenesch, francois.vandenesch@univ-lyon1.fr, Responsable Scientifique IdBIORIV
• Karen Moreau, karen.moreau@univ-lyon1.fr, co-responsable du work package « base génétique des variations protéomiques »,
• Raphaël Fleury, raphael.fleury@chu-lyon.fr, Chef de Projet IdBIORIV