Bioinformatician/ Scientific software Engineer

 CDD · IE  · 24 mois (renouvelable)    Bac+5 / Master   Laberca · Nantes (France)  2100-2500 net

 Date de prise de poste : 1 septembre 2022

Mots-Clés

Automated workflows, chemoinformatics, Galaxy, R , mass sepctrometry

Description

Développeur d’applications scientifiques / bioinformatiques au service du retraitement de données spectrométriques haute résolution (homme/femme)

Localisation: Nantes (44)

CDD: Niveau IE 24 mois

Description du poste et des missions confiées

Le/la candidat(e) sera intégré(e) au service Exploitation du LABERCA et interagira de manière transverse avec tous les acteurs de la structure avec toutefois un lien privilégié avec les pilotes de l’UMR et des deux plateformes HBM/MELISA.

Vous interviendrez en soutien des activités de l’UMR et de ses plateformes support (MELISA et HBM) en charge de la génération de données de type suspect et non-targeted screening (marqueurs d’exposition et marqueurs d’effet) via la mise en place d’un workflow de retraitement complet des données depuis leur version brute jusqu’à leur version annotée et interprétable. Vous vous baserez pour cela sur un ensemble de ressources pour partie existantes (déjà développées au sein de l’unité, e.g. logiciel Haloseeker, ou disponibles au sein de la communauté, e.g. Galaxy, bases de données) pour consolider un outil agrégeant les différentes sous-composantes associées à ce travail d’annotation des données omiques. Vous ferez évoluer cet outil en fonction des évolutions technologiques de l’instrumentation utilisée dans ce domaine (spectrométrie de masse haute résolution), des spécificités des différentes applications/projets conduits au sein du LABERCA et en fonction des attendus des clients internes/externes. Vous prendrez aussi en compte les changements d’échelle que nous rencontrerons à court terme et ensuite régulièrement. Vous vous assurerez également des nécessaires points d’harmonisation relatifs à ces développements et mises en œuvre au regard des dynamiques et des éventuels standards dans ce domaine au niveau international.

● Mission 1 (80%) - Développement d’outils bioinformatique pour l’analyse de données de spectrométrie de masse haute-résolution.

  • Développement informatique de workflows complets d’analyse de données acquises par spectrométrie de masse haute-résolution. Ces développements ayant directement vocation à faire évoluer les capacités analytiques de deux infrastructures nationales de recherche.
  • Mise en place et administration de banques de données utiles aux traitements des données LC-HRMS et GC-HRMS produites par les plateformes

● Mission 2 (20%) - Concevoir, développer et conduire les approches bioinformatique mises en place, dans le cadre des projets de recherche des utilisateurs du service et des partenaires scientifiques.

  • Implication dans les aspects traitement de données des projets de recherches du Laboratoire.
  • Assurer la veille technologique du domaine.
  • Renforcer les liens avec l’institut français de bioinformatique (IFB)

Profil et compétences souhaitées

* Compétences en programmation informatique et en génie logiciel

* Connaissance des langages de programmation R et Python

* Connaissance en création et administration de base de données (Oracle, SQL...)

* Maitrise des outils de gestion de code (Git…)

* Maîtriser le travail sur ordinateur avec des applications spécifiques (installation, configuration, utilisation) sous environnement Windows / Linux.

* Savoir être rigoureux(se), organisé(e) et autonome.

* Connaissance d'un environnement pluridisciplinaire dans un laboratoire de recherche, très bonnes capacités de travail en équipe et de communication. Bonnes qualités d’expression écrite et orale en langue française et anglaise.

 * Etre initier aux environnements virtualisés et connaissance de la plateforme informatique Galaxy serait un plus (https://galaxyproject.org/)

* Être motivé pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (Chimie, Biologie et Informatique) et interagir avec différents acteurs lors de la mission. Posséder une double compétence en Chimie ou Biologie et en Informatique serait un plus

Unité d’accueil

LABoratoire d’Étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA),

UMR 1329 École Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l’Alimentation Nantes Atlantique (ONIRIS) / Institut National de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE).

Le LABERCA est constitué d’une Unité Mixte de Recherche de l’École Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l’Alimentation Nantes Atlantique (Oniris) et de l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRAE, département AlimH) et d’un laboratoire national de référence qui appui scientifiquement et techniquement la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl, MAA). Le LABERCA coordonne à ce titre le fonctionnement d’un réseau de laboratoires de surveillance et de contrôle spécialisés en sécurité chimique des aliments et plus particulièrement les polluants organiques persistants et les promoteurs de croissance interdits en élevage.

Du point de vue scientifique, le domaine d’activité historique du laboratoire est celui de la sécurité chimique de l’aliment, dans une démarche globale d’appréciation du risque depuis l’agrofourniture jusqu’à l’homme et sa descendance. L’UMR s’attache à caractériser à la fois l’exposition externe (alimentaire) du consommateur (mesures d’occurrence dans les denrées alimentaires) et son exposition interne (indicateur d’imprégnation) au regard des mêmes paramètres, de leurs métabolites ou de leurs produits de dégradation dans les fluides et tissus biologiques. L’UMR contribue également à la caractérisation des dangers, en particulier pour les substances perturbatrices du système endocrinien, par la génération de marqueurs d’effets génériques relatifs au métabolome, lipidome et stéroidome, et enfin par l’étude du lien entre exposition chronique à ces substances chimiques et effets santé. Le parc instrumental du laboratoire est constitué d’une vingtaine d’instruments de mesure type spectromètre de masse de physiques de mesure variées. Le système de management du laboratoire par la qualité repose sur les normes ISO 17025 (prestations d’essais), ISO 17043 (organisation d’essais d’aptitude inter-laboratoires) et ISO 9001 pour ses activités d’ingénierie pédagogique (formation SARAF), et de recherche.

A côté des approches méthodologiques conventionnelles de type ciblées, le LABERCA développe en particulier depuis plusieurs années de nouvelles approches analytiques basées sur les technologies émergentes de profilage globale (suspect et non-targeted screening), qu’il s’agisse de la mesure de marqueurs d’exposition (exposomique) ou d’effet (métabolomique, lipidomique et stéroidomique). Ces approches sont mises en œuvre par deux plateformes (HBM et MELISA) insérées au niveau national dans plusieurs mouvements structurants au niveau régional (Biogenouest), national (infrastructure de Recherche France-Exposome) et européen (infrastructure de recherche ESFRI EIRENE, Horizon Europe PARC). L’un des aspects cruciaux dans ce domaine est la capacité à analyser de larges volumes de données, qui impose une approche semi-automatisée basée sur des ressources bio-informatiques. De tels outils bio-informatiques adaptés sont plus précisément requis pour passer des données brutes aux données annotées, qui permettent d’assigner une identité chimique aux signaux détectés. Si plusieurs outils de retraitement des données de ce type sont aujourd’hui disponibles, aucun n’intègre à ce jour l’intégralité des événements. Ceci justifie un travail de fond visant à bâtir un socle robuste et in fine un outil qui sera partagé avec la communauté scientifique internationale. La perpétuelle progression des technologies de génération de données nécessite pour les workflows développés comme pour les opérateurs bio-informaticiens impliqués, des ajustements systématiques.

Candidature

Procédure : Envoyer par email votre lettre de motivation, un CV et une liste de référent(e)s

Date limite : 24 juin 2022

Contacts

yann.guitton@oniris-nantes.fr

 yaNOSPAMnn.guitton@oniris-nantes.fr

Offre publiée le 8 juin 2022, affichage jusqu'au 24 juin 2022