Mots-Clés

Réplication de l'ADN, séquençage nanopore, génomique, intelligence artificielle

Description

Niveau d'études souhaité : Doctorat ou Diplôme d'Ingénieur. Expérience souhaitée : Au moins 3 ans en laboratoire.

Durée du contrat : 12 mois renouvelable deux fois (36 mois maximum).

L'Ingénieur-e travaillera au sein de l'équipe "Réplication des chromosomes eucaryotes" dirigée par Olivier Hyrien . Le laboratoire a mis au point une technique de cartographie de réplication de l'ADN par séquençage nanopore d'intermédiaires de réplication marqués par un analogue de la thymidine, la bromodésoxyuridine (BrdU)*. L'ingénieur-e devra collecter, organiser et analyser les données de séquençage nanopore. Le signal électrique brut est traité par un identificateur de bases capable de distinguer la BrdU de la thymidine. Chaque lecture est cartographiée sur le génome de référence (levure ou homme) et le profil du contenu en BrdU est analysé pour déterminer le mouvement des fourches de réplication pendant le marquage au BrdU. L'ingénieur devra se familiariser avec les outils de détection et de traitement du signal déjà disponibles, les utiliser, participer à leur amélioration et leur mise à jour et à la création d'un outil d’analyse intégré mettant en œuvre les principes FAIR pour diffusion et publication.

*Références : Hennion et al Genome Biology 2020. Theulot et al Nature Comm 2022.

Compétences :

• Collecte, traitement et analyse de données génomiques.
• Programmation (Shell, Python et R).
• Connaissance d’outils de développement de workflow (ex : Conda, NextFlow)
• Formation aux bonnes pratiques de bioinformatique (principe FAIR, système de gestion de versions, packaging et diffusion des outils développés)
• Intelligence Artificielle et apprentissage machine.
• Anglais écrit et parlé

Contexte de travail :

L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.

Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution. Plusieurs plateformes technologiques, notamment en imagerie, génomique, protéomique et bio-informatique sont à la disposition des chercheurs. Les recherches menées à l’IBENS bénéficient des interactions avec d’autres disciplines présentes à l’ENS (physique, chimie, sciences cognitives, mathématiques). L’IBENS est activement impliqué dans la formation des étudiants et jeunes chercheurs à tous les niveaux.

L’équipe d’accueil : "Réplication des chromosomes eucaryotes", dirigée par Olivier Hyrien, comprend 3 chercheurs, 1 ingénieur d'étude expérimentaliste, 1 postdoctorant et 3 doctorants, de formation génétique ou biochimique ou physique, aux compétences bioinformatiques variables. Elle collabore étroitement avec des chercheurs en physique ou en biologie computationelle de l'ENS de Lyon pour les analyses bioinformatiques avancées et les techniques d'apprentissage machine. L’objectif de l’équipe est de comprendre les mécanismes de régulation de l'activation des origines de réplication et de la progression des fourches de réplication chez les eucaryotes. Le/la candidat.e travaillera en étroite  collaboration avec Laurent Lacroix, CRCN Inserm.