Mots-Clés

Réplication de l'ADN, séquençage nanopore, génomique, intelligence artificielle

Description

English version below

Contrat de 12 mois renouvelable 2 fois (36 mois maximum)

Le chercheur-e travaillera au sein de l'équipe "Réplication des chromosomes eucaryotes" dirigée par Olivier Hyrien. Le laboratoire a mis au point une technique de cartographie de réplication de l'ADN par séquençage nanopore d'intermédiaires de réplication marqués par un analogue de la thymidine, la bromodésoxyuridine (BrdU)*. Cette technique sera employée pour étudier le programme de réplication du génome et ses déterminants génétiques et épigénétiques dans des mutants de levure et des cellules humaines éventuellement modifiées par CRISP-Cas9. Selon ses compétences le chercheur-e participera à la réalisation d'expériences de biologie moléculaire et de génétique et/ou aux aspects d'analyse des signaux, de bioinformatique et de modélisation.
*References : Hennion et al Genome Biol 2020. Theulot et al Nature Comm 2022.

L'Institut de biologie de l'ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques. Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l'IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques. L'activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l'évolution. Plusieurs plateformes technologiques, notamment en imagerie, génomique, protéomique et bio-informatique sont à la disposition des chercheurs. Les recherches menées à l'IBENS bénéficient des interactions avec d'autres disciplines présentes à l'ENS (physique, chimie, sciences cognitives, mathématiques). L'IBENS est activement impliqué dans la formation des étudiants et jeunes chercheurs à tous les niveaux.
L'équipe d'accueil Réplication des chromosomes eucaryotes, dirigée par Olivier Hyrien, comprend 3 chercheurs, 1 ingénieur d'étude expérimentaliste, 1 postdoctorant et 3 doctorants ; elle collabore étroitement avec Benjamin Audit et Jean-Michel Arbona à l'ENS de Lyon, spécialistes en analyse du signal, biologie computationelle et intelligence artificielle. L'objectif de l'équipe est de comprendre les mécanismes de régulation de l'activation des origines de réplication et de la progression des fourches de réplication chez les eucaryotes Le/la candidat.e travaillera en étroite collaboration avec Olivier Hyrien, Benoît le Tallec, Laurent Lacroix.

12-month contract, renewable twice (36 months maximum)

The postdoctoral scientist will work within the "Eukaryotic Chromosome Replication" team directed by Olivier Hyrien. The laboratory has elaborated a technique for mapping DNA replication based on nanopore sequencing of replication intermediates labelled with the thymidine analog bromodeoxyuridine (BrdU)*. This technique is being employed to study the replication programme of the genome and its genetic and epigenetic determinants in yeast mutants and in human cell lines possibly modified by CRISPR-Cas9. According to his/her competences, the postdoctoral scientist will participate to molecular biology and genetic experiments and/or to signal analysis, bionformatics and modelling aspects.
*References : Hennion et al Genome Biol 2020. Theulot et al Nature Comm 2022.

The Institute of Biology of École normale supérieure (IBENS) is a fundamental research centre in Life sciences. Our research aims at deciphering the fundamental mechanisms at the core of biological processes. IBENS (ENS, CNRS and Inserm joint unit) hosts over 300 people in 30 autonomous teams. The research environment is highly collaborative and interdisciplinary, and combines experimental and theoretical approaches. Our activities cover fields as various as functional genomics, neurobiology, developmental biology, ecology and evolution biology. Several technological platforms, notably in imaging, genomics, computational biology and proteomics, provide a robust support to the activities of the different teams. Our research also benefits from the high potential of interactions with other scientific departments in ENS (physics, chemistry, mathematics, informatics, etc.). ENS is deeply involved in the formation of students and young researchers at all levels.
The host team Eukaryotic Chromosome Replication is headed by Olivier Hyrien. The team currently includes 3 Researchers, 1 Experimentalist Engineer, 1 Postdoc and 3 Students. We have a long-term partnership with Benjamin Audit and Jean-Michel Arbona at the ENS de Lyon, who are specialists in signal analysis, computational biology and artificial intelligence. Our research addresses the mechanisms that regulate replication origin activation and replication fork progression in eukaryotes. The postdoctoral scientist will work in close interaction with Laurent Lacroix, Benoît le Tallec and Olivier Hyrien.