Définition de la fonction

Ingénieur de recherche sur la plateforme Bioinformatique et Big data au Service de la Santé (2B2S; https://2b2s.univ-fcomte.fr/)

Champ des relations

Cf. Règlement intérieur de la plateforme 2B2S

- Directeur de la plateforme

- Autres ingénieurs du comité technique 

- Comité de pilotage scientifique – directeur(rice)s des équipes partenaires

- Equipe informatique de l’UFR Santé

- Stagiaires de la plateforme

Missions et Activités

Mission 1

Traitement des données de NGS en biologie médicale

Activités :

- Analyse de données de NGS en biologie (traitements des données brutes, stockage, alignement, assemblage)

- Analyse des microbiotes humains et environnementaux

- Analyse des données de RNAseq, de ChIP-Seq

- Analyse de données de protéomique

- Appel de variants chez les procaryotes et les eucaryotes (bactéries, parasites, champignons, virus, cellules cancéreuses)

- Association des données biologiques et des données patients.

Mission 2

Développement et montage de projets en lien avec les biologistes

Activités :

- Développement de nouveaux outils et pipelines d’analyses de données de NGS répondant aux besoins des équipes partenaires

- Participation au montage des projets biologiques (notamment sur les besoins en données et les techniques nécessaires)

Mission 3

Formation et suivi

Activités :

- Encadrement de stagiaires master 2, doctorants et post-doctorants (max. 2/an)

- Administration d’un serveur sous linux

Compétences nécessaires

- Maîtrise de plusieurs outils de programmation

- Maîtrise de l’anglais

- Solides notions en biologie

- Connaissance en administration linux

- Connaissance en analyse statistique

Qualités requises

- Autonomie

- Travail en groupe

- Forte capacité d'initiative

- Curiosité

- Sens de l'organisation

- Sens de la communication