Ingénieur Data Full Stack (H/F)

 CDI · IE   Bac+5 / Master   Institut Imagine · PARIS (France)

 Date de prise de poste : 1 septembre 2022

Mots-Clés

Données cliniques, recherche médicale, base de données, full stack, python, sql

Description

Dans le cadre de ces missions, la plateforme data science de l’Institut Imagine recrute un ingénieur(e) Data Full Stack pour gérer/intégrer les données cliniques et réaliser tous types de développement autour de ces données.

L’ingénieur(e) Data Full Stack est polyvalent, il est capable de prendre en charge la création d’une base de données de la définition des besoins par les médecins/chercheurs à la livraison de l’outil. Autonome dans le développement des traitements de données, il travaille en étroite collaboration avec les équipes de soin et de recherche afin d’assurer la structuration, l’intégration et la valorisation de leurs données.

Créé à l’initiative des chercheurs et médecins de l’Hôpital Necker – Enfants malades, l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) des maladies génétiques Imagine développe des programmes scientifiques fondés sur une continuité entre recherche fondamentale, recherche clinique et soins innovants sur les maladies génétiques et les prédispositions génétiques aux maladies fréquentes, de l’enfance à l’âge adulte. Cet IHU est porté par l’Institut Imagine, fondation de coopération scientifique ayant pour ambition d’accélérer la recherche en l’organisant au plus près du malade afin d’apporter les solutions diagnostiques et thérapeutiques attendues par les patients et leurs familles.

La plateforme Data Science de l’institut Imagine développe des méthodes pour accélérer la recherche translationnelle entre les médecins et les chercheurs, entre l'hôpital et l'institut. Nous créons des logiciels permettant le stockage et l'analyse des données phénotypiques des patients.

En particulier, la plateforme Data Science développe :

  • de bases de données pour les équipes de recherche : constitution de cohortes de patients et analyse des données ;
  • d’un entrepôt de données biomédicales : moteur de recherche et fouille de données ;
  • de méthodes de data mining et d’extractions d’information par des méthodes d’intelligence artificielle (Traitement automatique du langage, traitements des images)
  • d’applications pour aider les médecins et scientifiques dans leurs recherches

La plateforme est aussi impliquée dans des projets de recherche d’envergure nationale.

Description détaillée de l’équipe : https://www.institutimagine.org/fr/nicolas-garcelon-757

Dans le cadre de ces missions, la plateforme data science de l’Institut Imagine recrute un ingénieur(e) Data Full Stack pour gérer/intégrer les données cliniques et réaliser tous types de développement autour de ces données.

L’ingénieur(e) Data Full Stack est polyvalent, il est capable de prendre en charge la création d’une base de données de la définition des besoins par les médecins/chercheurs à la livraison de l’outil. Autonome dans le développement des traitements de données, il travaille en étroite collaboration avec les équipes de soin et de recherche afin d’assurer la structuration, l’intégration et la valorisation de leurs données.

Il peut intervenir sur tous types de données : biologique, textuelle, image, omics. L’ingénieur data doit avoir une connaissance approfondie des procédures de gestion des données, des bonnes pratiques de data management et des outils d’intégration de données.

 

MISSION ET FONCTIONS

Dans le cadre de la plateforme Data Science, en collaboration avec les ingénieurs en informatique médicale, les missions seront les suivantes :

  • Rencontrer les équipes cliniques et les chercheurs pour collecter leurs besoins et définir le cahier des charges techniques pour établir le plan de gestion des données
  • Faire le lien  avec les services supports de l’institut Imagine (services juridiques, DPO, DSI, Valorisation etc.)
  • Mettre en place les pipelines / flux de collecte de données (extraction de données à partir de logiciels métiers, sélection et intégration de sources de données, mise en place d'outils d'interfaçage, d’export, de structuration, d'indexation, etc.)
  • Implémentation des projets de base de données via un Framework de base de données clinique (REDCap, framework local)
  • Mise en production, livraison et recettage des bases de données
  • Maintenance corrective et évolutive des bases de données de recherche
  • Aide à l’implémentation de standards et normes de mise en conformité des données
  • Encadrement des stagiaires et des TEC nécessaires à la réalisation des projets pilotés
  • Développements spécifiques de pipelines ou d’applications scientifiques (ETL, interface web, ...)

 

COMPETENCES

Connaissances

  • Expérience souhaitée dans le secteur de l’informatique médicale
  • Maîtrise des Systèmes de gestion de bases de données (PostgreSQL, Oracle ou MySQL/MariaDB) et du SQL
  • Maîtrise des langages de programmation : Python ou PHP, Javascript, HTML, CSS
  • Maitrise des outils ETL
  • Connaissance appréciée des standards d’interopérabilité́ du domaine de la santé (FHIR, OMOP, CDA, HL7, CIM, Snomed , LOINC, HPO...)
  • Connaissance de la conformité au RGPD (données sensibles, Méthodologies de Références de la CNIL) et des pratiques de protections de données
  • Un plus : connaissance de R pour l’analyse de données, modèles statistiques et tableau de bord
  • Maîtrise de l’anglais technique

 

Qualités

  • Capacité d'écoute, de compréhension et de synthèse
  • Rigueur, organisation et autonomie indispensables
  • Polyvalence
  • Forte capacité d’adaptation aux évolutions technologiques

 

FORMATION

  • Ecole d’ingénieur informatique ou master en bio informatique ou équivalent
  • Une expérience équivalente d’au moins 2 ans

 

CONTRAT

  • CDI
  • Prise de fonction possible dés Septembre 2022
  • Localisation : Institut Imagine - 24 boulevard du Montparnasse 75015 PARIS
  • Télétravail possible 2j/semaine
  • Mutuelle attractive
  • Accès aux associations sportives et culturelles
  • Salaire selon profil et expérience.

 

MODALITES DU RECRUTEMENT

Le dossier de candidature, comprenant une lettre de motivation et un curriculum vitae détaillé, est à adresser, sous la référence Imagine_244, à nicolas.garcelon@institutimagine.org

Candidature

Procédure : Le dossier de candidature, comprenant une lettre de motivation et un curriculum vitae détaillé, est à adresser, sous la référence Imagine_244, à nicolas.garcelon@institutimagine.org

Date limite : 15 juillet 2022

Contacts

Nicolas Garcelon

 niNOSPAMcolas.garcelon@institutimagine.org

 https://www.institutimagine.org/fr/ingenieur-data-full-stack-hf-1374

Offre publiée le 17 juin 2022, affichage jusqu'au 15 juillet 2022