Mots-Clés

curation validation annotation de génomes bactériens développement analyses

Description

Missions

Ce recrutement se situe dans le cadre du projet DeepImpact, financé par l'ANR. L'objectif de ce projet est de mieux caractériser les associations entre les pratiques agricoles (labour, rotations, usage d'intrants, …), les facteurs environnementaux (caractéristiques des sols, température, hygrométrie, …), les populations microbiennes des sols et les phénotypes observés (rendements, maladies, présence de ravageurs, …), parallèlement dans 2 modèles de plantes cultivées (colza et blé). Pour cela, les partenaires du projet établissent des suivis sur 2 ans d'un très grand nombre de caractéristiques (par l'intermédiaire de capteurs, de relevés agronomiques, et de questionnaires) sur 200 parcelles réparties sur l'ensemble du territoire français.
La personne recrutée aura pour mission de collecter, valider puis structurer les données produites afin de garantir leur archivage et leur accessibilité et de produire des solutions logicielles pour en faciliter le traitement et l'analyse visant à caractériser les communautés bactériennes (espèces, gènes et fonctions, métabolisme) impactant la qualité et la santé des cultures en regard des pratiques agricoles.

Activités

- curation, validation et structuration des données issues de la campagne d'échantillonnage sur le terrain, en les adaptant aux différentes ontologies du domaine
- création des formulaires d'enquêtes pour la 2ème année de campagne d'échantillonnage
- développement d'un modèle adapté et intégration des données produites dans un triplestore RDF
- Intégration des résultats des analyses par séquençage par amplicon des échantillons de sol
- mise à disposition les données à l'aide du logiciel AskOmics et les technologies du Web sémantique (RDF et SPARQL)
- développement de nouvelles fonctionnalités dans AskOmics liées à l'exploitation des ontologies, l'expressivité des requêtes ou la fédération de triplestores
- assemblage et annotation de génomes bactériens et caractérisation fonctionnelle et métabolique des communautés identifiées

Compétences

- bonne connaissance de la biologie et plus particulièrement de la métagénomique.
- structuration des données et administration de systèmes d'information
- développement de scripts et d'applications
- connaissance des outils d'analyses de données métagénomiques, d'assemblage et d'annotation de génomes bactériens, et d'étude de fonctionnalités métaboliques d'un écosystème.
- expérience de suivi de projets scientifiques
- très grande facilité à communiquer

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera à l'IRISA/INRIA dans l'équipe Dyliss qui a une forte expertise dans les domaines de l'ingénierie des connaissances, et de l'analyse et la reconstruction de réseaux métaboliques. Elle travaillera aussi en collaboration étroite avec la plateforme bioinformatique de l'IGEPP (INRAE Rennes) très expérimentée dans la gestion et le traitement de données génomiques.
L'ingénieure ou l'ingénieur participera aux réunions des workpackages 1, 2 et 3 du projet DeepImpact, et sera en contact fréquent et direct avec les partenaires responsables de la production des données (échantillonnage, enquêtes terrains, cultures bactériennes, séquençage), et de leurs traitements et analyses statistiques.
Le laboratoire d'accueil INRIA/IRISA basé sur le campus de l'Université de Rennes 1 regroupe plus de 700 scientifiques experts dans de nombreuses thématiques des Mathématiques de l'informatique et de la robotique. Il inclut les équipes Dyliss, GenScale et la plateforme GenOuest, acteurs reconnus de la bioinformatique française.