Mots-Clés

Bioinformatique médicale Immunologie CAR-T Cells python

Description

Contexte

L’hôpital Saint-Louis fait partie du groupe hospitalier AP-HP Nord Université Paris Cité, et est localisé dans le 10ème arrondissement de Paris, dans le secteur animé du canal St-Martin, à proximité de la place de la République et de la Gare de l’Est.

L’hôpital Saint-Louis est un centre d’excellence pour les activités de soins et de recherche dans le domaine de l’Hématologie-Immunologie-Oncologie.

Environnement de travail

Le laboratoire d’Immunologie et Histocompatibilité de l’Hôpital St-Louis assure le diagnostic et le suivi des patients présentant des dysfonctionnements immunitaires (greffes d’organe ou de cellules souches hématopoïétiques, déficits immunitaires, immunothérapies). Les cellules CAR-T représentent une nouvelle approche d’immunothérapie anti-tumorale utilisant des lymphocytes génétiquement modifiés du patient, qui a bouleversé le pronostic de certaines hémopathies malignes. L’hôpital St-Louis a été le 1er centre français autorisé à utiliser les cellules CAR-T en 2018, et est aujourd’hui le 1er centre européen avec près de 400 patients traités.

Le laboratoire d’Immunologie de l’hôpital St-Louis a mis en place un suivi immunologique systématique des patients traités par cellules CAR-T (dans un objectif diagnostique, pronostique et thérapeutique), pour lequel il est référent national. Ce suivi, réalisé dans un secteur dédié du laboratoire sous la responsabilité de 3 biologistes, est à l’origine d’une quantité de données considérable, source de valorisation médicale et scientifique, et d’activités de recherche en lien étroit avec les unités INSERM de l’Institut de Recherche St-Louis.

Description du poste

La personne recrutée aura en charge la conception et la maintenance d’une base de données dédiée aux données cliniques relatives aux CAR-T Cells, et le développement d’un logiciel de gestion et d'exploitation des données (saisie, consultation, bio-statistiques).

Elle collaborera avec le biologiste en charge du projet, et les autres bio-informaticiens du Laboratoire.

Compétences nécessaires

• Maîtrise de Python
• Connaissance de l’administration de base de données MS-SQL
• Connaissance du langage T-SQL
• Connaissances en gestion de données cliniques (traçabilité, sécurité)
• Organisation et gestion de projet
• Connaissance des méthodes bio-statistiques appliquées à la clinique

Compétences appréciées

• Connaissances en immunologie
• Connaissance de R
• Connaissance du développement collaboratif et du versionning (Git/GitHub)

Compétences interpersonnelles

• Faire preuve d’autonomie
• Travailler en équipe pluridisciplinaire (biologistes, ingénieurs, techniciens de laboratoire)
• Partager son travail, ses avancées, ses problématiques
• Participer à la vie du Laboratoire, être force de proposition
• Savoir intégrer son travail dans un contexte clinique global