Stage de master en génétique

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   GenPhySE, INRAE · Toulouse (France)  environ 590€ par mois

 Date de prise de poste : 2 janvier 2023

Mots-Clés

GWAS eQTL pig production

Description

Vous serez accueilli·e au sein de l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Système d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150 personnels travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez plus particulièrement intégré à l’équipe GenEpi (Génétique et Epigénétique d’espèces animales utilisées en croisement), qui travaille à la dissection moléculaire de la génétique et de l’épigénétique de caractères d’intérêts.

Le réchauffement climatique impose une adaptation des systèmes d’élevages. Un des leviers d’action possible est la sélection génétique d’animaux supportant mieux les périodes de fortes chaleurs. Pour comprendre le déterminisme génétique de l’adaptation à la chaleur chez le porc, nous avons réalisé un croisement ‘back-cross’ entre une race cosmopolite productive (Large White), et une race locale Créole adaptée au climat tropical. Les porcs croisés ont été élevés en climat tempéré ou tropical, dans deux unités expérimentales INRAE. Les porcs élevés en climat tempéré ont de plus subi un stress thermique expérimental. Les porcs ont été intensément phénotypés pour des caractères de production et de thermorégulation, et plusieurs phénotypes intermédiaires ont été obtenus (métabolome sanguin, microbiote fécal, transcriptome sanguin), ainsi que les génotypes mesuré par puce SNP. Le transcriptome sanguin est disponible pour plus de 350 porcs, tous phénotypés et génotypés.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

- la réalisation d’une analyse eQTL : détection des variants génétiques impliqués dans la régulation du niveau d’expression des gènes, y compris la recherche d’effet génome x environnement.
- la réalisation d’une analyse de TWAS : détection des transcrits dont le niveau est le plus corrélé avec un phénotype d’intérêt, y compris en prenant en compte la dynamique d’expression des gènes lors du stress thermique expérimental.

Conditions particulières d’activité : Le stage devra se faire uniquement sur site (pas de télétravail possible), dans le campus INRAE Occitanie Toulouse d’Auzeville, au sud de Toulouse. Le campus est accessible en transport en commun depuis Toulouse. Il est situé à proximité du canal du midi, permettant un accès vélo privilégié.

Candidature

Procédure : Transmettre une lettre de motivation et un CV par email. Candidatures au fil de l'eau, jusqu'à ce que le stage soit pourvu.

Date limite : 1 novembre 2022

Contacts

Guillaume Devailly

 guNOSPAMillaume.devailly@inrae.fr

 https://genphyse.toulouse.inra.fr/content/adaptation-%C3%A0-la-chaleur-chez-le-porc-crois%C3%A9-large-white-%E2%80%93-cr%C3%A9ole-analyses-transcriptomiques

Offre publiée le 7 juillet 2022, affichage jusqu'au 1 novembre 2022