Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

cancer immunothérapie,immuno-oncologie

Description

Poste à pourvoir immédiatement

INGENIEUR D’ETUDES EN BIOINFOMATIQUE

NOTRE ÉQUIPE

L'unité de recherche RIGHT INSERM est implantée au sein du campus Santé de Besançon (CHU de Besançon, Etablissement Français du Sang, Biotechs) et est composée d'environ 150 collaborateurs organisée en 2 équipes : l'équipe Autoimmunité, Transplantation et Inflammation (ATI) et l'équipe Thérapeutique Immuno-Moléculaire contre le Cancer (TIM-C).

Plus d’informations :

• Site web : https://umr-right.com/
• Page Linkedin : https://www.linkedin.com/company/umr-right/

DESCRIPTION DU POSTE

Le (la) bio-informaticien(ne) aura pour mission le traitement et l’interprétation de données de séquençage haut débit (ADN, ARN, etc.) pour les projets de recherche en oncologie pour l’unité.

ACTIVITES PRINCIPALES

• Analyse de données RNA-Seq (Single Cell & Bulk) et ADN (WGS/WES)
  • Traitement de données brutes
  • Analyse DEG & pathways
  • Analyse scRNA sur Seurat
  • Analyse du TCR
  • Analyse du HLA
  • Recherche de transcrits de fusion
  • Déconvolution Cellulaire
  • Recherche de mutations
• Création, maintien et mise à jour de pipelines pour assurer les analyses de routines
• Modélisation de données pour participer aux articles de l’unité
• Maintien et participation à l’évolution de la structure Bioinformatique de l’unité
• Interaction avec des cliniciens, biologistes, oncologues et d’autres Bioinformaticiens sur des projets collaboratifs
• Ecriture de rapports et rendus des résultats

COMPETENCES REQUISES

• Vous avez au minimum un BAC+5 (ou diplôme d'ingénieur) en bio-informatique ou expérience équivalente dans un poste similaire (ouvert aux junior)
• Vous maitrisez l’environnement Linux, la programmation R et/ou Python
• Vous faites preuves de capacités de vulgarisation, appréciez le travail en équipe et l’interaction avec différents profils (biologistes, cliniciens et bioinformaticiens)
• Vous maîtrisez la présentation de vos résultats par écrit et oralement

COMPÉTENCES FACULTATIVES APPRÉCIÉES

• Vous avez déjà une expérience en oncologie
• Maitrise des bases de données (TCGA, Gene Expression Omnibus, Single-Cell Portal)
• Vous êtes familier à l’écriture de pipeline
• Vous avez déjà travaillé sur un cluster de calcul

ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL

• Télétravail possible à hauteur de 2 jours par semaine
• Environnement de calcul : Mésocentre de Franche-Comté ( http://meso.univ-fcomte.fr/presentation/moyens-de-calcul.html )
• Workstation Personnelle

SALAIRE

Selon la grille salariale du CHU de Besançon et selon expérience du candidat

COMMENT POSTULER ?

Merci d'envoyer votre candidature (CV, lettre de motivation et deux références (nom, mail/téléphone) à l’ensemble des trois contacts suivants, avec en objet « Candidature Ingénieur Bioinformatique UMR 1098 » :

• Olivier Adotevi : olivier.adotevi@univ-fcomte.fr
• Justine Clerc : justine.clerc@efs.sante.fr
• Julien Viot : jviot@chu-besancon.fr