Mots-Clés

Evolution Two Component System International Knowledge Database Biocuration

Description

Dans le cadre de l’annotation experte des protéines de régulations et plus particulièrement des systèmes à deux composant, nous avons créé différentes bases de données (P2CS – www.p2cs.org , P2TF – www.p2tf.org) et service Web (P2RP – www.p2rp.org)  permettant une annotation semi-experte mise à la disposition de la communauté internationale. Afin d’améliorer notre classification fonctionnelle des protéines de régulation, nous avons envisagé plusieurs approches et choisi de développer une approche de type Deep-Learning en couplant des approches de Genome-Mining et de Text-Mining. Tout au long de cette année d’apprentissage, nous nous appuierons sur les données existantes, les prédictions effectuées ainsi que les outils informatiques développés en interne.

Le candidat sera amené à développer des outils bio-informatiques ouvert à la communauté internationale des sciences du vivant. Ils permettront principalement de coupler des techniques de Machine Learning et de Deep Learning afin de permettre une biocuration experte de fonctions biologiques étudiées par nos collaborateurs biologistes, aussi bien dans le monde médical qu’environnemental.

A la fin de cette année d’alternance, nous serons en mesure de proposer une nouvelle version de notre base de données P2CS enrichie de nouvelles fonctionnalités et contenant des données prédites à l’aide des dernières techniques disponibles en intelligence artificielle et enfin d’étudier l’histoire évolutive d’un système biologique particulier (les systèmes à deux composants, senseurs de l’environnement) dans les 3 domaines du vivant.

Ce travail sera réalisé en collaboration avec Céline Brochier-Armanet du LBBE.