Mots-Clés

genomique proteomique multiomique plateforme

Description

Description de la mission :
Le candidat bio-informaticien, mènera diverses missions pour définir, analyser et assurer la finalisation d'applications bio-informatiques en soutien des équipes de recherche et des services et plateformes technologiques de l’institut. Il travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs, ingénieurs et doctorants du laboratoire. Il développera et appliquera des approches innovantes pour le traitement et la valorisation de jeux de données publiques et/ou produits par les plateformes technologiques de l’institut par l’installation, l’optimisation de packages existants, la création de workflows originaux, l’automatisation des analyses. Le candidat devra posséder de solides connaissances en bio-statistiques.

Activités principales :
• Réalisation de développements de pipelines bio-informatiques en soutien aux équipes et aux services et plateformes technologique de l’institut : choix des stratégies, conception et déploiement, transfert de compétences,
• Participation aux publications scientifiques issues des analyses (publications des codes sources et des jeux de données, rédaction des méthodes, production de figures),
• Organiser et coordonner les actions de formation pour répondre aux besoins des équipes de recherche et des services et plateformes technologiques.

Profil recherché :

•    Excellente maîtrise de la programmation en R
•    Langages de programmation informatique : Linux/Unix, bash, perl, python, java
•    Connaissance pratique des outils de conteneurisation (Docker, Singularity), gestionnaires de version (Git) et gestionnaires de workflow (NextFlow)
•    Maitrise des bases de données publiques et des logiciels de bio-analyse et d’analyse multi-omics
•    Maitrise des méthodes de recherche, de recueil et d'analyse de données
•    Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données
•    Bases solides en biologie
•    Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques
•    Animer des formations pour des ingénieurs, des chercheurs et doctorants biologiste
•    Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral (Anglais B1)
•    Habitude du travail en équipe, capacités d'écoute et de proposition

Diplôme exigé et/ou formation(s) souhaitée(s) :

Niveau doctorat

Description de l’entité/service d’accueil

L'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) est une unité mixte de recherche (UMR7275) qui regroupe 20 équipes de recherche et des services et plates-formes technologiques de protéomique/lipidomique/métabolomique, génomique/transcriptomique, imagerie/cytométrie et analyse fonctionnelle chez l’animal. L'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) est une unité mixte de recherche (UMR7275) constituée entre le CNRS et l'Université Côte d'Azur (UCAzur). Ses 20 équipes de recherche de classe internationale et ses services et plates-formes technologiques communes de pointe, représentant un effectif d'environ 220 personnes de 20 nationalités différentes, se répartissent sur 2 bâtiments d'une superficie de 8 000 m². Plus de 500 publications dans les meilleures revues internationales de 2012 à 2021 ; 3 LabEx, 1 infrastructure nationale en biologie-santé, 3 FHU, 3 plateformes labellisées IBiSA dont 2 certifiées ISO9001 ; nombreux prix prestigieux (médailles d’or, d’argent et de bronze CNRS, Cristal CNRS, Académies de Science et Médecine, …) et collaborations avec l’industrie (1 startup, 23 brevets, ...).

Modalités de candidatures :

Les dossiers de candidatures comprenant un CV et une lettre de motivation sont à envoyé par mail à : lebrigand@ipmc.cnrs.fr