Service : Laboratoire de biologie et génétique du cancer

1 (Bio-)informaticien / développeur full-stack (H/F)

C.D.D. (18 mois)

Le Centre François Baclesse, établissement de santé de statut privé, à but non lucratif, est un Centre de Lutte Contre le Cancer (CLCC) situé à Caen. Cet établissement assure une mission de soins, de recherche et d'enseignement dans le domaine exclusif de la cancérologie. Le Laboratoire de Biologie et de Génétique du Cancer réalise une importante activité diagnostique en oncogénétique (et en génétique des tumeurs en s’appuyant sur des techniques de séquençage à haut-débit (NGS). Il est également impliqué dans des projets de recherche dans le cadre de l’INSERM U1245. Le laboratoire est impliqué dans le développement de systèmes de base de données interfacées dédiées à l’expertise des variants génétiques. A ce titre il occupe une place importante dans le projet FrOG (French oncogénétique database) coordonné par UNICANCER sous l’égide du Groupe Génétique et Cancer, et, pilote notamment les développements bio-informatiques en partenariat avec un industriel de la bioinformatique. L’objectif de FrOG est de centraliser de manière sécurisée les variants de gènes de prédisposition au cancer identifiés chez les patients vus en consultation d’oncogénétique dans une base de données permettant leur annotation, curation et expertise, au sein d’un environnement réglementaire maîtrisé pour les aspects de protection des données des patients

Description du poste :

Pleinement intégré à l’équipe du laboratoire, en collaboration avec les bio-informaticiens du CHU de Rouen, de l’institut Curie ainsi qu’avec les biologistes du laboratoire et du consortium FrOG, le (bio)-informaticien aura en charge le développement de bases de données, API et interface de consultation et prendra part au traitement de données. A plein temps pour le projet FrOG avec des possibilités pour le télétravail, il :

• assurera le développement de nouvelles fonctionnalités après recueil des besoins auprès du laboratoire et des membres du Groupe Génétique et Cancer (GGC) associés au projet.
• sera en charge de l’évolution du Système de Gestion des Bases de Données (SGBD) et de la base pour la gestion de grand jeux de données.
• assurera la maintenance et l’évolution des applications existantes
• assurera la documentation du code

Profil recherché :

• Développeur full-stack
• Informaticien ou bioinformaticien ayant une forte appétence pour le développement web (niveau master)
• Connaissance avancée des SGBD souhaitée (PostgreSQL est un plus)
• Connaissance des langages de programmation (NodeJS, et Python notamment) et des interprétateurs de commandes (Bash/Shell). La connaissance du framework de développement angular serait appréciée
• Maitrise des techniques de containerisation (docker)
• Expérience dans l’utilisation de gestionnaire de sources (GitLab), notamment l’intégration continue.
• Esprit de synthèse, capacité d’écoute et d’analyse, sens du service
• Capacité à travailler en équipe et bonnes capacités relationnelles

rémunération selon expérience

Poste à pourvoir dès que possible

« Conformément à l’accord n° 2013-05 seront examinées en priorité les candidatures des salariés en CDI souhaitant une mobilité professionnelle, puis celles des CDD présents dans l’établissement, et enfin les éventuelles candidatures externes »