Mots-Clés

Protéomique bioinformatique pipeline analyses spectrometrie de masse

Description

I- MISSION : Au sein de l’Unité Technologique OMICs, et en lien avec son responsable, développer et intégrer de nouvelles méthodes/outils d’analyse dans le cadre des projets de BIOASTER sur des données omiques (métabolomique et protéomique notamment).

II- Rattachement : Unité technologique OMICs

III – principales Activités :

• Choisir et implémenter différentes solutions d’analyses. Développer/adapter les pipelines adaptés aux designs expérimentaux, dans le cadre des projets de recherche appliqués aux données omiques, en microbiologie et/ou en infectiologie, et réaliser les recherches bibliographiques nécessaires.
• Prendre en charge
  • la mise en place de méthodes pour le traitement des données générées au sein des projets, en lien avec les biologistes, biochimistes et biostatisticiens de BIOASTER, ,
  • l’interprétation des données avec les chefs de projet et experts scientifiques,
• Automatiser et documenter les flux d’analyse dans le respect des pratiques de l’équipe bioinformatique Omics
• Communiquer sous forme écrite (rapports de projet, publications scientifiques, brevets) et orale (réunions d’avancement, congrès…), en français et en anglais, les résultats obtenus.
• Participer à l’idéation et la maturation de projets de recherche pour construire les réponses à la question scientifique, définir la faisabilité technique, le budget et le calendrier.
• Adhérer à la démarche qualité et répondre aux exigences de la certification ISO-9001.

IV – PROFIL : 

• De formation Ingénieur en bioinformatique avec 5 ans minimum d’expérience en analyse de données omiques  en environnement de recherche ou PhD en bioinformatique réalisé dans ce domaine
• Au cours de vos précédentes expériences, vous avez développé les compétences suivantes :

• Connaissances approfondies en bio-informatique et en analyses bio-statistiques, une expérience dans l'analyses de données issues de la RMN et / ou de la spectrométrie de masse (MS)
• Expertise d'un des langages Python, Bash ou R
• Maîtriser l’outil de versioning Git
• Maîtriser l’environnement Linux (ligne de commande, outils, …), avec connaissance des architectures client/serveur.
• Une première expérience dans les domaines et technologies suivantes serait appréciée : HPC (Slurm - SGE), nextflow, snakemake, Conda, Modules, Docker/Singularity
• La connaissance d'autre langage de programmation serait un plus: perl, groovy, php, mysql, C/C++
  • Visualisation de données,
  • Connaissances de base en biologie, biochimie.
  • Une expérience ou des notions d’analyse en (méta)génomique et/ou transcriptomique est un vrai plus.
  • Anglais courant (rédaction et présentations).

Aptitudes personnelles

• Autonomie
• Rigueur, organisation et méthode
• Esprit d’équipe
• Créativité
• Écoute et communication
• Aisance relationnelle
• Capacités d'analyse et esprit de synthèse
• Qualité rédactionnelle
• Ouverture d’esprit