INGENIEUR DE RECHERCHE EN BIOINFORMATIQUE OMIQUES H/F
CDI · Autres
Bac+5 / Master
BIOASTER · LYON (France)
Date de prise de poste : 15 septembre 2022
Mots-Clés
Protéomique
bioinformatique
pipeline
analyses
spectrometrie de masse
Description
I- MISSION : Au sein de l’Unité Technologique OMICs, et en lien avec son responsable, développer et intégrer de nouvelles méthodes/outils d’analyse dans le cadre des projets de BIOASTER sur des données omiques (métabolomique et protéomique notamment).
II- Rattachement : Unité technologique OMICs
III – principales Activités :
- Choisir et implémenter différentes solutions d’analyses. Développer/adapter les pipelines adaptés aux designs expérimentaux, dans le cadre des projets de recherche appliqués aux données omiques, en microbiologie et/ou en infectiologie, et réaliser les recherches bibliographiques nécessaires.
- Prendre en charge
- la mise en place de méthodes pour le traitement des données générées au sein des projets, en lien avec les biologistes, biochimistes et biostatisticiens de BIOASTER, ,
- l’interprétation des données avec les chefs de projet et experts scientifiques,
- Automatiser et documenter les flux d’analyse dans le respect des pratiques de l’équipe bioinformatique Omics
- Communiquer sous forme écrite (rapports de projet, publications scientifiques, brevets) et orale (réunions d’avancement, congrès…), en français et en anglais, les résultats obtenus.
- Participer à l’idéation et la maturation de projets de recherche pour construire les réponses à la question scientifique, définir la faisabilité technique, le budget et le calendrier.
- Adhérer à la démarche qualité et répondre aux exigences de la certification ISO-9001.
IV – PROFIL :
- De formation Ingénieur en bioinformatique avec 5 ans minimum d’expérience en analyse de données omiques en environnement de recherche ou PhD en bioinformatique réalisé dans ce domaine
- Au cours de vos précédentes expériences, vous avez développé les compétences suivantes :
- Connaissances approfondies en bio-informatique et en analyses bio-statistiques, une expérience dans l'analyses de données issues de la RMN et / ou de la spectrométrie de masse (MS)
- Expertise d'un des langages Python, Bash ou R
- Maîtriser l’outil de versioning Git
- Maîtriser l’environnement Linux (ligne de commande, outils, …), avec connaissance des architectures client/serveur.
- Une première expérience dans les domaines et technologies suivantes serait appréciée : HPC (Slurm - SGE), nextflow, snakemake, Conda, Modules, Docker/Singularity
- La connaissance d'autre langage de programmation serait un plus: perl, groovy, php, mysql, C/C++
- Visualisation de données,
- Connaissances de base en biologie, biochimie.
- Une expérience ou des notions d’analyse en (méta)génomique et/ou transcriptomique est un vrai plus.
- Anglais courant (rédaction et présentations).
Aptitudes personnelles
- Autonomie
- Rigueur, organisation et méthode
- Esprit d’équipe
- Créativité
- Écoute et communication
- Aisance relationnelle
- Capacités d'analyse et esprit de synthèse
- Qualité rédactionnelle
- Ouverture d’esprit
Offre publiée le 15 juillet 2022, affichage jusqu'au 15 septembre 2022