Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Génétique épigénétique agrumes hybride intergénérique maladie HLB bioinformatique NGS nanopore

Description

La maladie du Huanglongbing (HLB), due à la bactérie Candidatus liberibacter, est la principale menace pour l’industrie des agrumes dans le monde et cause de lourdes pertes économiques. Aucun traitement n’est disponible, mais l’une des équipes d’accueil a développé de nouveaux hybrides inter-génériques (Microcitrus X Citrus) résistant au HLB. Dans la perspective d’exploiter efficacement ces résistances pour la sélection de variétés cultivées, nos équipes cherchent à identifier les régions génomiques directement impliquées dans les mécanismes de résistances, ainsi que dans la formation des fruits. Pour comprendre la régulation de ces régions, nous étudierons les conséquences du reformatage épigénétique résultant de la confrontation de génomes divergents lors de l’hybridation inter-générique. Un panel important de données sera à disposition de l’étudiant qui aura pour but d’analyser par des approches bioinformatiques l’organisation de l’épigénome de l’hybride et des parents. Cette stratégie permettra au final d’identifier les déterminants génétiques et épigénétiques régissant l’organisation de l’épigénome de l’hybride résistant, et devrait permettre à terme de sélectionner des plantes à la fois résistantes et capable de produire des fruits de qualité.