Mots-Clés

Bioinformatique, Génomique, Parallélisme

Description

La proposition de post doc s'inscrit dans le cadre d’un projet de recherche européen, le projet BioPIM, programme EIC PATHFINDER, qui a démarré en mai 2022. Ce projet a, entre autre, pour objectif de paralléliser et d’évaluer des algorithmes du domaine de la génomique sur une architecture de type « Processing-in-Memory » (PIM). L’architecture matérielle s’appuie sur une nouvelle mémoire DRAM développée par la société UPMEM (partenaire du projet) permettant de créer des barrettes mémoire de 8 Go qui intègrent en leur sein 128 micro-processeurs. Dans ce cadre, le candidat devra développer un projet de recherche en adéquation avec les objectifs du projet BioPIM comme, par exemple, revisiter et adapter les principales structures de données utilisées en génomiques au paradigme PIM.