Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Bio-informatique Génomique Parallélisme

Description

La mission de l'ingénieur de recherche s'inscrit dans le cadre d’un projet de recherche européen, le projet BioPIM, programme EIC PATHFINDER, qui a démarré en mai 2022. Ce projet a, entre autre, pour objectif de paralléliser et d’évaluer des algorithmes du domaine de la génomique sur une architecture de type « Processing-in-Memory » (PIM). L’architecture matérielle s’appuie sur une nouvelle mémoire DRAM développée par la société UPMEM (partenaire du projet) permettant de créer des barrettes mémoire de 8 Go qui intègrent en leur sein 128 micro-processeurs. Plus spécifiquement, la mission sera de développer, de paralléliser, d’implémenter, de tester et de valider des algorithmes du domaine de la génomique sur des architectures PIM.