Mots-Clés

base de données développement web intégration continue diversité marine

Description

Description

L'Institut des Sciences Océaniques, avec un financement Amidex, finance un projet d'ingénieur de 18 mois intitulé "Biodiv'Innov : Approches innovantes pour le suivi de la biodiversité marine en couplant imagerie et génomique".

Le présent projet vise à fournir un outil d'intégration unique (base de données et service Web) pour caractériser la biodiversité planctonique et son évolution en fonction des conditions environnementales afin d'aider à identifier les transitions et les changements écologiques. 

Basés sur l'imagerie, la génomique environnementale, les comptages cellulaires microscopiques et les analyses par cytométrie de flux, ces outils fonctionnels s'appuieront sur l'interopérabilité des données océanographiques pour contribuer à la recherche fondamentale et appliquée sur les systèmes socio-écologiques répondant aux besoins de la société.

Ce développement fera appel à la vaste expertise des laboratoires d'Aix-Marseille Université sur les écosystèmes pélagiques et benthiques. L'approche du « métabarcoding » sera couplée à la reconnaissance automatique d'images de plancton par apprentissage automatique (avec le logiciel ParticleTrieur développé à la fois par le CEREGE et le MIO dans le cadre du projet ITEM RapMed), afin d'améliorer notre compréhension des effets du changement climatique sur les communautés planctoniques.

Des échantillons collectés en Méditerranée à la station de surveillance de la baie de Marseille (Services nationaux d'observation SOMLIT-Solemio, PHYTOBS, SSL@MM, séries temporelles de zooplancton, ainsi que du biote fixé et fixé à partir d'échantillons benthiques du fond marin) serviront d'études de cas pour ce projet.

Le candidat ingénieur retenu aura l'opportunité de travailler avec plusieurs laboratoires d'Aix-Marseille Université, notamment l'Institut Méditerranéen d'Océanographie (MIO), le Centre européen Recherche et d'Enseignement des Géosciences de l'Environnement (CEREGE), l'Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et terrestre (IMBE) et le Service informatique Pythéas.

L'ingénieur sera chargé de la conception de bases de données intégrant les deux types de données, de l'échantillonnage à l'analyse et au traitement des données. Ses recherches fourniront 1) un nouvel outil d'intégration combinant les omiques et l'imagerie 2) pour gérer l'interopérabilité de données hétérogènes et 3) pour faciliter les requêtes de données, y compris une interface web conviviale.

Compétences

- Expérience en scripting Linux bash

- Expérience en langages basés sur SQL

- Compétence dans des langages tels que Python et/ou R

- Expérience en utilisation de logiciel de gestion de versions (git)

- Une expérience dans les outils de conteneurisation comme Docker serait un avantage

- Connaissance en Machine Learning / Deep Learning / IA

- Compétences en programmation web (HTML/CSS, PHP, Javascript)

- Excellentes compétences en communication

- L'anglais est obligatoire