Stage de bioinformatique

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   CNRCH, CHU de Bordeaux · Bordeaux (France)

 Date de prise de poste : 2 janvier 2023

Mots-Clés

Web Python Django NGS bactérie génomique

Description

Contexte

Le Centre National de Référence des Campylobacters et Hélicobacters situé au sein du laboratoire de Bactériologie du CHU de Bordeaux surveille l’épidémiologie en France pour ces deux genres bactériens. Les Campylobacters sont responsables de gastro-entérites des suites d’une contamination alimentaire et H. pylori, l’espèce représentative des Hélicobacters, est retrouvé dans l’estomac d’une personne sur deux et peut dans certaines conditions induire des gastrites, ulcères et cancers gastriques. Le CNRCH reçoit ainsi quotidiennement des souches et prélèvements biologiques afin de réaliser différentes analyses en laboratoire telles que des cultures, des identifications d’espèce, des antibiogrammes et des analyses PCR. Depuis quelques années, le séquençage haut-débit du génome de ces bactéries et les analyses bio-informatiques prennent une place importante au laboratoire. En effet, un certain nombre de souches bactériennes sont séquencées chaque année dans le but d’obtenir via divers outils et scripts bio-informatiques des informations cruciales comme l’espèce, la résistance aux antibiotiques ou bien la source de contamination. Ces données permettent de répondre à différentes problématiques cliniques et épidémiologiques, mais également de réaliser de multiples projets de recherche.

 

Objectifs du stage

Les données génomiques obtenues par bio-informatique sont actuellement stockées en local sur un ordinateur dédié ou sur le réseau interne de l’hôpital. De par l’important volume qu’elles représentent, l’accès à des résultats précis de manière rétrospective peut être contraignant, avec un manque de praticité et de visibilité.

Ce stage sera ainsi dédié au développement d’une interface web (hébergée sur le réseau interne de l’hôpital) permettant d’afficher l’intégralité des données bio-informatiques du laboratoire. Les différentes souches avec les génomes et résultats correspondants seront ainsi centralisées et accessibles via différents tableaux et formulaires. Plusieurs fonctionnalités seront également développées, qui permettront notamment : la filtration des souches selon les données patients (ex. sexe ou âge) et résultats bio-informatiques (ex. espèce ou marqueurs spécifiques de résistance), la génération de graphes (ex. évolution des sources de contamination selon les années) et de rapports .pdf, la visualisation de la qualité des données brutes de séquençage, etc …


Compétences recherchées

Pour ce stage, vous justifiez d’une forte autonomie, d’une appétence pour la mise en forme de données scientifiques, et des connaissances en :

  • Python (une première expérience avec Django serait un plus) ;

  • Bash ;

  • SQL ;

  • HTML.


Unité d’accueil et ressources mises à disposition

Le stage se déroulera dans le laboratoire de bactériologie du CHU de Bordeaux, Groupe Hospitalier Pellegrin et au sein du CNR des Campylobacters et des Hélicobacters. Un PC fixe double écran sous Windows ou Linux (selon la préférence) sera à disposition.

 

Contacts

Quentin Jehanne, quentin.jehanne@chu-bordeaux.fr

Philippe Lehours, philippe.lehours@chu-bordeaux.fr

Candidature

Procédure :

Date limite : 31 décembre 2022

Contacts

Quentin Jehanne

 quNOSPAMentin.jehanne@chu-bordeaux.fr

Offre publiée le 7 septembre 2022, affichage jusqu'au 31 décembre 2022