Conception d'un pipe-line d'analyse de données sRNA-Seq

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   INRAE · CASTANET TOLOSAN (France)  3,90 € / heure

 Date de prise de poste : 1 janvier 2023

Mots-Clés

sRNA sequencing pipe-line

Description

Les petits ARN (sRNAs) sont des ARN non-codants de moins de 200 nucléotides.
Ils comprennent notamment les micro ARN, les piARN, et les siARN.
Leur rôle est déterminant dans l'évolution des organismes, la réponse immunitaire, et bien d'autres aspects de la régulation génique.
Afin de les caractériser, le sequençage de petits ARN (sRNA-Seq) est aujourd'hui la méthode la plus utilisée.

Le but de ce projet est de concevoir un pipe-line d'analyse de sRNA-Seq.
S'il existe déjà un certain nombre de pipe-lines d'analyse de données de RNA-Seq (sur ARN messagers), il n'y a pas encore de consensus pour les petits ARN.
Une des difficultés est que ces petits ARN sont souvent dupliqués dans le génome, et un nombre important de lectures peuvent donc s'aligner à plusieurs endroits, ce qui complique l'analyse.

Le laboratoire a proposé plusieurs méthodes afin d'analyser efficacement ces lectures dupliquées.
 - Alignement de lectures: doi: 10.1101/2021.01.12.426326
 - Quantification: doi: 10.1186/s12859-017-1816-4
 - Annotation: doi: 10.1371/journal.pone.0231738
 - Expression différentielle: doi: 10.1371/journal.pone.0256196
Le but du stage sera de proposer un pipe-line en combinant ces outils avec NextFlow ( https://www.nextflow.io ).

Nous recherchons un étudiant en Master bio-informatique, ayant des connaissances en:
 - Linux,
 - bases de programmation (notamment R),
 - compréhension en Anglais.

Information pratiques:
 - Lieu d'accueil: INRAE Occitanie-Toulouse, MIAT, chemin de Borde-Rouge, Castanet-Tolosan;
 - Rémunération: gratification;
 - Date de début: début 2023;
 - Durée souhaitée: 6 mois;
 - Modalité pour postuler: envoyer CV et lettre de motivation à matthias.zytnicki@inrae.f

Candidature

Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation

Date limite : 15 octobre 2022

Contacts

Matthias Zytnicki

 maNOSPAMtthias.zytnicki@inrae.fr

 https://miat.inra.fr/site/Emplois

Offre publiée le 7 septembre 2022, affichage jusqu'au 15 octobre 2022