Stage de M2 Bioinformatique

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Laboratoire d'Immunologie et d'Immunogénétique · Bordeaux (France)

 Date de prise de poste : 2 janvier 2023

Mots-Clés

HLA, Transplantation d’organe, Greffe de cellules souches hématopoïétiques, Bio-informatique, Base de données, Application Web, Master 2

Description

Offre de stage de M2 Bioinformatique

Laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique

CHU Bordeaux - Pôle de Biologie - Pathologie



 

Mots clés : HLA, Transplantation d’organe, Greffe de cellules souches hématopoïétiques, Bio-informatique, Base de données, Application Web, Master 2

 

Présentation

Le laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique du CHU de Bordeaux est un laboratoire de biologie médicale. Il comprend deux secteurs : Allergie-Humorale-Auto-Immunité et HLA-Cellulaire (HLA pour Human Leukocyte Antigens).  Le secteur HLA-Cellulaire effectue des examens en vue de la transplantation d’organes (rein, cœur, foie, poumons) et de la greffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). Pour cette dernière, le laboratoire concentre les activités Centre Receveur et Centre des Donneurs Volontaires de Moelle Osseuse d’Aquitaine. Le laboratoire effectue également la recherche des anticorps impliqués dans les rejets et non prises de greffes, les inefficacités transfusionnelles plaquettaires et les thrombopénies néonatales, ainsi que des immunophénotypages lymphocytaires, notamment pour le suivi de certains déficits immunitaires acquis ou héréditaires. L’ensemble de ces examens s’effectue dans le respect des bonnes pratiques du laboratoire et est soumis à une accréditation COFRAC (Comité Français d’Accréditation), EFI (European Federation for Immunogenetics) et WMDA (World Marrow Donor Association).

 

Les techniques utilisées sont multiples : biologie moléculaire (typage HLA, chimérisme, typage plaquettaire), techniques sérologiques (anticorps anti-HLA, anticorps anti-HPA) et cytométrie en flux (crossmatch cellulaire, immunophénotypages lymphocytaires).

Plus précisément, les techniques de biologie moléculaire pour le typage HLA utilisent des techniques de pointe comme le séquençage haut débit (NGS pour Next Generation Sequencing) et d’autres techniques comme la PCR SSO (Sequence Specific Oligonucleotides) et la PCR SSP à révélation par courbe de fusion (Sequence Specific Primers).

Sur le plan technique vous serez en binôme avec un bioinformaticien en poste au laboratoire. Il travaille sur plusieurs projets de fond dont la mise en place d’outils spécifiques pour le laboratoire et d’une base de données exhaustive.

 

 

Poste et missions

 

Objectif 1 : Poursuivre le développement d’outils servant les objectifs « qualité » du laboratoire

Rationnel : Toutes les activités du laboratoire s’effectuent dans le respect de la réglementation en vigueur, des standards EFI et de la norme COFRAC NF ISO 15189. L’ensemble des outils « qualité » est actuellement géré sur Excel® et de nombreuses fonctionnalités ne sont pas disponibles.

Nous aurions besoin d’outils permettant de compiler l’ensemble des besoins qualité du laboratoire. Ils devront être intégré à la base de données du laboratoire et facilement accessible par des biologistes et des techniciens via l’interface graphique en cours de développement. Ils pourront inclure les problématiques de la gestion documentaire effectuée par Sharepoint : connaître le statut du document (« brouillon », « approuvé »…) ; connaître les personnels qui ont attesté avoir lu le document et de relancer les personnes qui ne l’ont pas fait ; connaître les documents dont la dernière relecture est supérieure à 2 ans afin de les modifier… De plus ces outils pourront aussi regrouper nos tableurs de travail « Qualité » comme l’état d’avancement de chaque paillasse, les missions de chacun, le tableur des changements du laboratoire, des dysfonctionnements, des Contrôles Internes de Qualité (CIQ), des Evaluations Externes de Qualité (EEQ) etc.

 

Objectif 2 : Poursuivre le développement d’une base de données et d’une interface graphique appliquée au laboratoire

Rationnel : Le HLA est une discipline qui évolue sans cesse et qui accumule de nombreuses données. Actuellement ces données sont recopiées jusqu’à 5 fois entre la sortie de l’automate, le SIL (Système Informatique du Laboratoire) et les logiciels de l’ABM (Agence de la Biomédecine). Les études de compatibilités familiales en greffe d’organe et de CSH conditionnent réellement le choix thérapeutique et une donnée erronée peut avoir des conséquences dramatiques (surtout en greffe de CSH).

Les objectifs de ce stage sont de poursuivre le travail entrepris pour créer cette base de données complète et l’interface graphique suffisamment ouverte pour offrir des possibilités multiples dans cette discipline sans cesse en développement.

 

Objectif 3 : Mettre en place une sauvegarde informatique automatisée des données d’intérêt

Rationnel : Toutes les activités du laboratoire s’effectuent dans le respect de la réglementation en vigueur, des standards EFI et de la norme COFRAC NF ISO 15189. Dans ce contexte le laboratoire doit garder les enregistrements de chaque analyse afin de pouvoir effectuer des tests de traçabilité très précis et de pouvoir revenir sur chacune de ses analyses.

Les sauvegardes informatiques sont réalisées manuellement plusieurs fois par an. Elles ne sont pas rigoureusement bien classées du fait du manque de temps et de la lourdeur de la tâche. L’objectif est d’imaginer et développer une solution informatique permettant de s’assurer de la sauvegarde automatique des données pertinentes à conserver et de définir précisément lesquelles doivent être sauvegardées manuellement à bon escient si la procédure automatique ne peut pas être appliquée.

 

Périmètre technique du poste

Langages informatiques : Python 3, Html/CSS, Javascript, SQL, Bash, VBA
Framework : Django 4
Environnements : Windows/Linux, Excel, Oracle

 

Compétences requises

  • Méthodes et outils de la bioinformatique
  • Rédaction rigoureuse de toutes les étapes de codes et commentaires permettant une continuité du projet.
  • Expérience de développement en Python
  • Eventuellement, compétences en biologie générale voire en immunologie/HLA : voici un lien vers de la documentation https://nextcloud.chu-bordeaux.fr/index.php/s/jXvcTr8jwAlRPSR 

Candidature

Procédure : Envoyer un mail à l'adresse renseignée avec CV et lettre de motivation.

Date limite : 16 octobre 2022

Contacts

Dr Marine CARGOU

 maNOSPAMrine.cargou@chu-bordeaux.fr

Offre publiée le 7 septembre 2022, affichage jusqu'au 16 octobre 2022