Mots-Clés

bioinformatique microARN benchmark génétique animale

Description

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli·e au sein de l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) INRAE-Université de Toulouse-ENVT située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150  personnes travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez plus particulièrement intégré.e à l’équipe Dynagen (Dynamique évolutive des génomes).

Contexte du projet :

Les microARNs (miRNAs) sont de petits ARNs non codants connus pour être impliqués dans la régulation de l’activité des gènes codants. Malgré leur importance physiologique, ils sont relativement mal décrits chez les espèces non modèles. L’objectif de ce stage est d’évaluer différents outils bioinformatiques qui permettent, à partir de données de séquençage de petits ARNs (sRNA-seq) d’annoter ces miRNAs. Ce travail permettra, à partir de données de sRNA-seq générées dans le cadre du consortium FAANG, de produire des annotations de miRNAs pour plusieurs espèces d’animaux d’élevage (en particulier le poulet et le porc).

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Faire un état de l’art des outils bioinformatiques existants pour l’annotation de miRNAs à partir de données de séquençage.

• Mettre en œuvre une sélection d’outils sur un cluster de calcul et en faire un benchmark.

• Produire et évaluer de nouvelles annotations de miRNAs pour des espèces d’animaux d’élevage (en particulier le porc et le poulet).

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Bioinformatique

• Connaissances souhaitées:

  • Linux, Bash, Python et/ou R

  • Bon niveau d’anglais à l’écrit