Revenir à la liste des offres d'emplois Stagiaire en bioinformatique : comparaison d'outils d'annotation de microARNs pour les génomes anima Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master INRAE GenPhySE · Auzeville Tolosane (France) Date de prise de poste : 1 janvier 2023 Mots-Clés bioinformatique microARN benchmark génétique animale Description Environnement de travail, missions et activités Vous serez accueilli·e au sein de l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) INRAE-Université de Toulouse-ENVT située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150 personnes travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez plus particulièrement intégré.e à l’équipe Dynagen (Dynamique évolutive des génomes). Contexte du projet : Les microARNs (miRNAs) sont de petits ARNs non codants connus pour être impliqués dans la régulation de l’activité des gènes codants. Malgré leur importance physiologique, ils sont relativement mal décrits chez les espèces non modèles. L’objectif de ce stage est d’évaluer différents outils bioinformatiques qui permettent, à partir de données de séquençage de petits ARNs (sRNA-seq) d’annoter ces miRNAs. Ce travail permettra, à partir de données de sRNA-seq générées dans le cadre du consortium FAANG, de produire des annotations de miRNAs pour plusieurs espèces d’animaux d’élevage (en particulier le poulet et le porc). Vous serez plus particulièrement en charge de : Faire un état de l’art des outils bioinformatiques existants pour l’annotation de miRNAs à partir de données de séquençage. Mettre en œuvre une sélection d’outils sur un cluster de calcul et en faire un benchmark. Produire et évaluer de nouvelles annotations de miRNAs pour des espèces d’animaux d’élevage (en particulier le porc et le poulet). Formations et compétences recherchées Formation recommandée : Bioinformatique Connaissances souhaitées: Linux, Bash, Python et/ou R Bon niveau d’anglais à l’écrit Candidature Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation par email Date limite : 30 septembre 2022 Contacts Sarah Djebali, Cervin Guyomar ceNOSPAMrvin.guyomar@inrae.fr https://jobs.inrae.fr/ot-16317 Offre publiée le 7 septembre 2022, affichage jusqu'au 30 septembre 2022