INGENIEUR DE RECHERCHE EN BIOINFORMATIQUE, GENOMIQUE BACTERIENNE

Partenaires du projet

·         Hospices Civils de Lyon

·         bioMérieux

·         Centre International de Recherche en Infectiologie, Université de Lyon, Inserm U1111

Localisation

Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse

Equipe Public Health, Epidemiology & Evolutionary Ecology of Infectious Diseases

103 Grande Rue de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Contexte

La détection rapide des épidémies bactériennes est un enjeu majeur pour les systèmes de santé. Les méthodes actuelles de surveillance des épidémies à l’hôpital sont peu réactives. Notre équipe développe des méthodes automatisées de surveillance épidémique, basées sur l’analyse en temps-réel des données de diagnostic microbiologique générées par les laboratoires hospitaliers.

Mission

Vous contribuerez au développement et à l’exploitation de pipelines bioinformatiques centrés sur la comparaison de génomes bactériens dans un but épidémiologique.

Vos missions principales seront :

·         Générer l’assemblage de génomes bactériens complets avec ou sans génome de référence, à partir de données de séquençage d’ADN à brins longs (Oxford Nanopore) ou courts (Illumina)

·         Générer l’alignement multiple de génomes bactériens assemblés

·         Assurer l’annotation de génomes bactériens complets, avec un focus sur les gènes de résistance aux antimicrobiens et/ou impliqués dans le transfert horizontal de gènes de résistance

·         Générer des phylogénies et des visualisations à l’aide de suites logicielles standard

·         Organiser le stockage de données au sein d’une infrastructure de stockage hospitalière

·         Communiquer autour de vos travaux au sein des équipes multidisciplinaires des services hospitaliers et des partenaires industriels, ainsi que dans les conférences et congrès auxquels vous participerez.

Profil

·         Diplômé d’école d’ingénieur (Bac+5) ou docteur (Bac+8) avec une spécialisation en bioinformatique et génomique. Des connaissances dans le domaine de la microbiologie, de l’évolution bactérienne et de l’antibiorésistance seront considérées favorablement.

·         Vous êtes capable de programmer efficacement tout en veillant à ce que votre code soit évolutif, documenté et facilement réutilisable.

·         Vous êtes autonome, rigoureux, et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique.

·         Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement multidisciplinaire.

·         Vous parlez couramment anglais et êtes en mesure de réaliser une étude bibliographique ou de communiquer dans cette langue au sein d’une équipe internationale.

Pour postuler

Envoi CV + lettre de motivation à :

Jean-Philippe RASIGADE, jean-philippe.rasigade@chu-lyon.fr, Hospices Civils de Lyon / Centre International de Recherche en Infectiologie.

Prise de fonction en janvier ou février 2023. Contrat de 2 ans. Grille de salaire de la fonction publique hospitalière.